Distribution of Candida Isolates Detected in Blood Cultures and Determination of Antifungal Susceptibilities by a Commercial Broth Microdilution Test

Year 2024, Volume: 38 Issue: 2, 53 - 61, 30.08.2024

Mehmet İlker Tosun , Özlem Kirişci

https://doi.org/10.54962/ankemderg.1471996

Abstract

Candidemia is an important clinical condition that is more common especially in intensive care patients and can result in mortality. In this study, we aimed to identify Candida isolates isolated from blood cultures, determine their antifungal susceptibilities and minimum inhibitory concentration (MIC) values of these antifungals.
Blood cultures sent to Medical Microbiology Laboratory between January 2022 and January 2024 were examined retrospectively. BD Phoenix M50 (Becton Dickinson, USA) automated system was used for species identification of Candida isolates obtained from blood cultures. MICRONAUT-AM (Bruker, USA) broth microdilution test was used to determine the MIC values of antifungals. Antifungal susceptibility categories of the isolates were evaluated according to EUCAST standards.
A total of 96 Candida isolated from blood cultures between the specified dates were included in the study. The most frequently detected species was Candida albicans (46.9%). It was observed that the majority of candidemia cases were patients over the age of 65 (59.3%) and 92.7% were intensive care unit (ICU) patients. As a result of antifungal susceptibility tests, all isolates were found to be susceptible to amphotericin B. Among Candida species, the highest susceptibility rates to antifungals was observed in Candida parapsilosis. The lowest MIC values were detected in micafungin and the highest MIC values in fluconazole. Candida growth in blood culture was seen significantly more frequently in ICU patients and older patients. Especially ICU patients and patients in the older age group should be monitored more carefully for candidemia. It was observed that the antifungal susceptibilities of the isolated Candida species differed at the species level. Identification of Candida at the species level and antifungal susceptibility studies are very important for the correct and effective management of empirical and therapeutic treatment processes.

Keywords

Antifungal susceptibility, Blood culture, Candida, Candidemia, MICRONAUT-AM

KAN KÜLTÜRLERİNDE TESPİT EDİLEN CANDIDA İZOLATLARININ DAĞILIMI VE ANTİFUNGAL DUYARLILIKLARININ TİCARİ BİR SIVI MİKRODİLÜSYON TESTİ İLE BELİRLENMESİ

Abstract

Kandidemi özellikle yoğun bakım hastalarında daha sık görülen, mortalite ile sonuçlanabilen önemli bir klinik tablodur. Bu çalışmamızda, kan kültürlerinden izole edilen Candida izolatlarının tanımlanması, antifungal duyarlılıklarının ve bu antifungallere ait MİK değerlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
Ocak 2022-Ocak 2024 tarihleri arasında Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen kan kültürleri geriye dönük olarak incelenmiştir. Kan kültürlerinden elde edilen Candida izolatlarının tür tanımlamasında BD Phoenix M50 (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi kullanılmıştır. Antifungallerin MİK değerlerinin belirlenmesinde MICRONAUT-AM (Bruker, ABD) sıvı mikrodilüsyon testi kullanılmıştır. İzolatların antifungal duyarlılık kategorileri EUCAST standartlarına göre değerlendirilmiştir.
Çalışmaya belirtilen tarihler arasında kan kültürlerinden izole edilen toplam 96 tane Candida dahil edilmiştir. En sık saptanan tür Candida albicans (%46.9) olmuştur. Kandidemi olgularının büyük çoğunluğunun 65 yaş üstü hastalar (%59.3) olduğu ve %92.7’sinin yoğun bakım ünitesi (YBÜ) hastası olduğu görülmüştür. Antifungal duyarlılık testleri sonucunda bütün izolatlar amfoterisin B’ye duyarlı bulunmuştur. Candida türleri arasında antifungallere en yüksek duyarlılık oranları Candida parapsilosis’te görülmüştür. En düşük MİK değerleri mikafunginde ve en yüksek MİK değerleri flukonazolde tespit edilmiştir.
Kan kültüründe Candida üremesi YBÜ hastaları ve ileri yaş hastalarda belirgin bir şekilde daha sık görülmüştür. Özellikle YBÜ hastaları ve ileri yaş grubundaki hastalar kandidemi yönünden daha dikkatli takip edilmelidir. İzole edilen Candida’ların antifungal duyarlılıklarının tür düzeyinde farklılık gösterdiği görülmüştür. Candida’ların tür düzeyinde tanımlanması ve yapılan antifungal duyarlılık çalışmaları, ampirik ve terapötik tedavi süreçlerinin doğru ve etkili yönetilmesi açısından oldukça önemlidir.

Keywords

antifungal duyarlılık, kan kültürü, Candida, kandidemi, MICRONAUT-AM

References

• 1. Atalay M. A. Distribution of Candida species isolated from blood cultures and in vitro susceptibilities to amphotericin B and fluconazole. Selcuk Med Journal. 2012;28(3):149-151.
• 2. Aydoğan S., Samadzade R., Maçin S., Hatice T., Fındık, D. Pandemi döneminde kan kültürlerinden izole edilen Candida türlerinin dağılımı ve antifungal duyarlılıklarının değerlendirilmesi. Mantar Derg. 2022;13(3):105-110. https://doi.org/10.30708.mantar.1192975
• 3. Bakir M., Cerikcioglu N., Barton R., Yagci A. Epidemiology of candidemia in a Turkish tertiary care hospital. APMIS. 2006;114(9):601-610. https://doi.org/10.1111/j.1600-0463.2006.apm_359.x
• 4. Bayram Y., Gültepe B., Özlük S., Güdücüoğlu H. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Candida kökenlerinin identifikasyonu ve antifungal duyarlılıklarının araştırılması. Van Tıp Derg. 2012;19(4): 177-81.
• 5. Beder D., Taşbent F. E., Doğan M. Kan kültürlerinde tespit edilen Candida izolatlarının dağılımı ve antifungal duyarlılıkları. ANKEM Derg. 2020;34(3):77-85. https://doi.org/10.5222/ankem.2020.077
• 6. Ben-Ami R. Treatment of invasive Candidiasis: A narrative review. J Fungi. 2018;4(3):97. https://doi.org/10.3390/jof4030097
• 7. Branco J., Miranda I. M., Rodrigues A. G. Candida parapsilosis virulence and antifungal resistance mechanisms: A comprehensive review of key determinants. J Fungi. 2023;9(1):80. https://doi.org/10.3390/jof9010080
• 8. Cleveland A. A., Harrison L. H., Farley M. M., et al. Declining incidence of Candidemia and the shifting epidemiology of Candida resistance in two US Metropolitan Areas, 2008–2013: results from population-based surveillance. PloS one. 2015;10(3):e0120452. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0120452.
• 9. Çalışkan E., Dede A., Güven G. B. Kan kültürlerinde saptanan Candida türlerinin dağılımı ve antifungal duyarlılıkları. ANKEM Derg. 2013;27(1):25-30. https://doi.org/10.5222/ankem.2013.025
• 10. Çiçek B., Yılmaz H., Mutlu Y. E., Esen Ş., Birinci A. Candida epidemiyolojisindeki değişikliklerin araştırılması. Mikrobiyol Bul. 2015;49(3):423-31.
• 11. Ece G. Distribution of yeast-like fungi at a university hospital in Turkey. JJM. 2014;7(12). https://doi.org/10.5812/jjm.13141
• 12. Erdem F., Tuncer E. G., Oral B., Karakoç E., Demiröz A. P., Tülek N. Candida türlerine bağlı nozokomiyal enfeksiyonların epidemiyolojik ve mikrobiyolojik açıdan değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul. 2012;46(4):637-48.
• 13. Etiz P., Kibar F., Ekenoğlu Y., Yaman A. Kan kültürlerinden izole edilen Candida türlerinin dağılımının ve antifungal duyarlılıklarının retrospektif olarak değerlendirilmesi. ANKEM Derg. 2015;29(3):105-113. https://doi.org/10.5222/ankem.2015.0105
• 14. E. Tümbay Çev. Fırsatçı Mikozlar, “Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA (eds). Tıbbi Mikrobiyoloji, Atlas Kitapçılık, Ankara 6. Baskı, 2010” kitabında s.751-9.
• 15. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing, Breakpoint tables for interpretation of MICs for antifungal agents https://www.eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_files/AFST/Clinical_breakpoints/AFST_ BP_v10.0_200204_updatd_links_200924.pdf (Erişim tarihi: 4/4/2024)
• 16. Falagas M. E., Roussos N., Vardakas K. Z. Relative frequency of albicans and the various non-albicans Candida spp among candidemia isolates from inpatients in various parts of the world: A Systematic Review. IJID. 2010;14(11):e954-e966. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2010.04.006
• 17. Kılınçel Ö, Akar N, Karamurat Z. D., ve ark. Kan kültürlerinden izole edilen Candida türlerinin dağılımı ve antifungal duyarlılıkları. Türk Mikrobiyol Cem Derg. 2018;48(4):256-263. https://doi.org/10.5222/TMCD.2018.256
• 18. Koçak B. Y, Kuloğlu F., Çelik A. D, Akata F. Bir üçüncü basamak hastanesinde erişkin kandidemi olgularının epidemiyolojik özellikleri ve risk faktörlerinin değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul. 2011;45(3):489-503.
• 19. Kooshki P., Rezaei-Matehkolaei A., Mahmoudabadi A. Z. The patterns of colonization and antifungal susceptibility of Candida, isolated from preterm neonates in khorramabad, south west of Iran. JMM. 2018;28(2). https://doi.org/10.1016/j.mycmed.2018.02.010
• 20. MICRONAUT antifungal susceptibility testing https://www.merlindiagnostika.de/fileadmin/mediapool/downloads/Produkte/Resistenzbestimmung/1875129_MICRONAUT-AM_03-2020_eBook.pdf (Erişim tarihi 01/07/2024)
• 21. Müderris T., Yurtsever S.G., Baran N., Özdemir R., Güngör S., Aksoy-Gökmen A., Kaya S. Kan kültürlerinde izole edilen mikroorganizmalar ve antimikrobiyal duyarlılık paternlerinin son beş yıldaki değişimi. Turk Hij Den Biyol Derg. 2019;76(3):231-242. https://doi.org/10.5505/TurkHijyen.2019.65902
• 22. Özbek E., Tekay F., Pirinççioğlu H. Ç. Yoğun bakım hastalarına ait çeşitli örneklerden izole edilen Candida izolatlarında antifungal direnç. Dicle Med J. 2012;39(2):207-212. https://doi.org/10.5798/diclemedj.0921.2012.02.0128
• 23. Öztürk T., Özseven A. G., Çetin E. S., Selçuk K. Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarının tiplendirilmesi ve antifungal duyarlılıklarının araştırılması. KTD. 2013;14(1):17-22. https://doi.org/10.18229/ktd.91638
• 24. Papon N., Courdavault V., Clastre M., Bennett R. J. Emerging and emerged pathogenic Candida species: beyond the Candida albicans paradigm. PLoS Pathogens. 2013;9(9):e1003550. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003550
• 25. Perlin D. S., Rautemaa-Richardson R., Alastruey-Izquierdo A. The global problem of antifungal resistance: Prevalence, mechanisms, and management. Lancet Infect Dis. 2017;17(12):e383-e392. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(17)30316-X
• 26. Pfaller M. A., Diekema D. J. Epidemiology of invasive mycoses in North America. Crit Rev Microbiol. 2010;36(1):1-53.
• 27. Rex J. H., Walsh T. J., Sobel J. D., et al. Practice guidelines for the treatment of Candidiasis. Clin Infect Dis. 2000;30(4):662-678. https://doi.org/10.1086/313749
• 28. Sardi J. C. O., Scorzoni L., Bernardi T., Fusco-Almeida A. M., Mendes Giannini M. J. S. Candida species: Current epidemiology, pathogenicity, biofilm formation, natural antifungal products and new therapeutic options. J Med Microbiol. 2013;62(1) https://doi.org/10.1099/jmm.0.045054-0
• 29. Sarıgüzel F. M., Koç A. N., Karagöz S. Kan kültürlerinden izole edilen maya türlerinin Vitek 2 sistemi ile tanımlanması ve antifungal duyarlılıkları. Harran Univ Tıp Fak Derg. 2015;12(2):261-268.
• 30. Sav H., Demir, G., Atalay M. A., Koç A. N. Klinik örneklerden izole edilen Candida türlerinin değerlendirilmesi. Turk Hij Den Biyol Derg. 2013;70(4):175-80. https://doi.org/10.5505/TurkHijyen.2013.37267
• 31. Savcı Ü., Yılmaz N. Çeşitli örneklerden izole edilen Candidaların tür dağılımı ve antifungal direnç oranları. Turk clin lab. 2017;8(3):85-90. https://doi.org/10.18663/tjcl.340562
• 32. Sikora A, Hashmi M.F., Zahra F. Candida auris. [Updated 2023 Aug 28]. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2024 Jan-. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK563297/ (Erişim tarihi: 11/06/2024)
• 33. Srinivasan A., Lopez-Ribot J. L., Ramasubramanian A. K. Overcoming antifungal resistance. Drug Discov Today Technol. 2014;(11):65-71. https://doi.org/10.1016/j.ddtec.2014.02.005
• 34. Şanlı K., Kömürcü S. Z. M., Şahin, A. S. Kan kültürlerinde üretilen yoğun bakım ünitesi hastalarında Candida epidemiyolojisi ve antifungal direnç değişiminin incelenmesi, 2015-2019. Dicle Med J. 2021;48(4):796-805. https://doi.org/10.5798/dicletip.1037792
• 35. Turan D., Aksaray S. Merkez mikoloji laboratuvarının bir yıllık Candida verileri: Hangi örnek, hangi tür, ne kadar dirençli? Mikrobiyol Bul. 2022;56(3):493-505. https://doi.org/10.5578/mb.20229709