VİRAL ENFEKSİYONLARIN PATOGENEZİNDE UZUN KODLAMA YAPMAYAN RNA’LAR

Year 2018, Volume: 1 Issue: 1, 5 - 8, 01.01.2018

Burcu Bayyurt , Serdal Arslan

Abstract

Viral enfeksiyonlar hücrenin tüm gen ifade profilinde önemli modifikasyonlara sebep olurlar. Virüsler, enfekte ettikleri konağın bağışıklık sistem ile savaşmak ve replikasyonlarını artırmak için birkaç yol geliştirmiştir. Enfekte hücrelerde virüs, replikasyonunu artırmaya; konak ise savunmaya yönelik stratejiler geliştirmektedir. Son yıllarda enfekte hücrelerde, virüs konak ilişkisinde uzun kodlama yapmayan RNA (lncRNA)’ların önemli rolü olduğu ortaya çıkmıştır. İnsan genomunun büyük bir kısmı protein kodlamayan RNA’lardan oluşmaktadır. Kodlama yapmayan RNA’lar ise içerdikleri nükleotid sayısına göre sınıflandırılırlar. Uzun kodlama yapmayan RNA’lar, genellikle 200 nükleotitten daha uzun ve protein kodlama kapasitesine sahip olmayan fonksiyonel RNA molekülleridir. Bazı uzun kodlama yapmayan RNA’ların transkripsiyondan sonra düzenleyici fonksiyonlarını yerine getirmek üzere proteinlerle, DNA ya da diğer RNA’larla etkileştiği bilinmektedir. Birçok uzun kodlama yapmayan RNA’nın viral enfeksiyonda ve antiviral cevapta rol oynadığı görülmektedir. Virüsle enfekte olmuş bir hücrede uzun kodlama yapmayan RNA ifadesi virüs tarafından uyarılır ve bu RNA’lar replikasyonunu artırmak üzere virüs tarafından kullanılır. Benzer bir şekilde enfekte edilmiş hücre, viral enfeksiyona karşı hücreyi koruyan uzun kodlama yapmayan RNA’ların ifade olmasına sebep olur. Bu çalışmada son yıllarda viral enfeksiyonların hastalık seyri, tanısı ve tedavisinde önemli rol oynadığı düşünülen lncRNA’ların viral enfeksiyonlarla ilişkisi derlenmiştir. Uzun kodlama yapmayan RNA’ların hastalığın seyrine, tanısına ve tedavisine yönelik etkileri değerlendirilmiştir. Son yıllarda viral enfeksiyonlarla mücadele etmede hastalığın prognozunda etkili olabileceği düşünülen uzun kodlama yapmayan RNA'ların belirlenmesi ile tedaviye yönelik biyobelirteç olabilecekleri düşünülmektedir.

Keywords

Viral enfeksiyon, Patogenez, Uzun kodlama yapmayan RNA

Long Non-Coding RNAs in Pathogenesis of Viral Infections

Abstract

Viral
infections lead significant modifications in the total gene expression profile
of the cell. Viruses have developed several ways to combat the immune system and
increase their replication. In infected cells, the virus can be used to increase
replication; while the host develops strategies to defend. In recent years, it
has been shown that long non-coding RNAs (lncRNAs), in infected cells, plays an
important role in the virus host relationship. Most of human genome is composed
of RNAs that do not encode proteins. Non-coding RNAs are classified according
to the number of nucleotides. Long non-coding RNAs are functional RNA molecules
that are generally longer than 200 nucleotides and do not have protein coding
capacity. It is known that some long non-coding RNAs interact with proteins,
DNA, or other RNAs to perform regulatory functions after transcription. Many
long non-coding RNAs, has been implicated in viral infection and antiviral
response. Expression of long non-coding RNAs in a virus-infected cell is
stimulated by the virus, and these RNAs are used by the virus to increase
replication. Similarly, the infected cell results in the expression of long
non-coding RNAs that protect the cell against viral infection. In this study,
relationship between viral infections and lncRNAs, which are thought to play an
important role in disease progression, diagnosis and treatment of viral
infections in recent years, has been reviewed. In recent years, for combating
viral infections, it is thought that long non-coding RNAs, which are thought to
be effective in the prognosis of the disease, may be identified as therapeutic
biomarkers.

Keywords

Viral Infections, Pathogenesis, Long Non-Coding RNA

References

• Arnaud N, Dabo S, Akazawa D, Fukasawa M, Shinkai-Ouchi F, Hugon J, Wakita T, Meurs EF. 2011. Hepatitis C virus reveals a novel early control in acute immune response. PLOS Path, 7 (10), e1002289.
• Aune TM, Spurlock CF. 2016. Long non-coding RNAs in innate ve adaptive immunity. Virus Res, 212: 146-160.
• Cawley S, Bekiranov S, Ng HH, Kapranov P, Sekinger EA, Kampa D, Piccolboni A, Sementchenko V, Cheng J, Williams AJ, Wheeler R, Wong B, Drenkow J, Yamanaka M, Patel S, Brubaker S, Tammana H, Helt G, Struhl K, Gingeras TR. 2004. Unbiased mapping of transcription factor binding sitesalong human chromosomes 21 ve 22 points to widespread regulation ofnoncoding RNAs. Cell, 116: 499-509.
• Dabo S, Meurs, EF. 2012. dsRNA-dependent protein kinase PKR ve its role in stress, signaling ve HCV infection. Viruses, 4 (11): 2598-2635.
• Fortes P, Morris KV. 2016. Long noncoding RNAs in viral infections. Virus Res, 212: 1-11.
• Gack MU, Shin YC, Joo CH, Urano T, Liang C, Sun L, Takeuchi O, Akira S, Chen Z, Inoue S, Jung JU. 2007. TRIM25 RING-finger E3 ubiquitin ligase is essential for RIG-I mediated antiviral activity. Nature, 446 (7138): 916-920.
• Imamura K, Imamachi N, Akizuki G, Kumakura M, Kawaguchi A, Nagata K, Kato A, Kawaguchi Y, Sato H, Yoneda M, Kai C, Yada T, Suzuki Y,Yamada T, Ozawa T, Kaneki K, Inoue T, Kobayashi M, Kodama T, Wada Y, Sekimizu K, Akimitsu N, 2014. Long noncoding RNA NEAT1-dependent SFPQ relocation from promoter region to paraspeckle mediates IL8 expression uponimmune stimuli. Molec Cell, 53: 393-406.
• Iyer MK, Niknafs YS, Malik R, Singhal U, Sahu A, Hosono Y, Barrette TR, Prensner JR, Evans JR, Zhao S, Poliakov A, Cao X, Dhanasekaran SM, Wu YM, Robinson DR, Beer DG, Feng FY, Iyer HK, Chinnaiyan AM. 2015. The lvescape of long noncoding RNAs in the human transcriptome. Nature Genet, 47: 199-208.