Review
BibTex RIS Cite

Flow Sitometri ve Bitki Islahı

Year 2020, Volume: 34 Issue: 1, 213 - 223, 01.06.2020

Fatih Demirel , Barış Eren , Serap Demirel , Aybüke Erol

Abstract

Bitkiler hem insanoğlunun hem de hayvanların beslenmesinde önemli bir yere sahiptir. Artan dünya popülasyonu ve küresel ısınma besin kalitesi ve kaynağı üzerinde problemler oluşturmaktadır. Bitki ıslahı besin kalitesinin ve verimin arttırılması amacıyla birçok bitkide uygulanmıştır. Flow sitometri (flow cytometry; FCM) keşfedildiğinden beri bitki ıslahında ploidi seviyelerinin belirlenmesi için uygun ve kullanışlı bir araç olmuştur. Flow sitometri ebeveyn bitkilerin karakterize edilmesi, çaprazlama sonucu oluşan yavru bitkilerin kromozom içeriğinin saptanması, poliploidizasyon çalışmaları gibi farklı amaçlar doğrultusunda kullanılmaktadır. Bu çalışma da flow sitometri ve bitki ıslahında kullanımı ele alınmıştır. Teknolojinin gelişmesi ile birlikte flow sitometrinin tarımda ve bitki ıslahında kullanımı yaygınlaşmıştır. Araştırmacıların genom modifikasyonu üzerindeki çalışmalara ilgisi arttıkça, flow sitometrinin farklı uygulamalarda kullanılacağı olası gözükmektedir. 

Keywords

Bitki DNA miktarı FCM ıslah

References

  • Akbudak, M.A., Paksoy, A. ve Tuna, M. 2018a. Farklı türlere ait yulaf aksesyonlarının genom büyüklüklerinin belirlenmesi ve ploidi seviyelerinin tespiti. Mediterranean Agricultural Sciences, 31(1): 49-54.
  • Akbudak, M.A., Şakiroğlu, M. and Tuna, M. 2018b. Estimation of nuclear DNA content and determination of relationship between altitude and genome size of USDA Turkish oat (Avena spp.) collection. Gesunde Pflanzen, 70(4): 171-178.
  • Altındal, D. ve Akgün, İ. 2015. Bitki genetik kaynakları ve tahıllardaki durumu. Adnan Menderes Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 12(1): 147-153.
  • Ayele, M., Doleže, J., Van Duren, M., Brunner, H. and Zapata-Arias, F.J. 1996. Flow cytometric analysis of nuclear genome of the Ethiopian cereal tef [Eragrostis tef (Zucc.) Trotter]. Genetica, 98(2): 211-215.
  • Bai, D., Scoles, G.J. and Knott, D.R. 1994. Transfer of leaf rust and stem rust resistance genes from Triticum triaristatum to durum and bread wheats and their molecular cytogenetic localization. Genome, 37(3): 410418.
  • Baird, W.V., Estager, A.S. and Wells, J.K. 1994. Estimating nuclear DNA content in peach and related diploid species using laser flow cytometry and DNA hybridization. Journal of the American Society for Horticultural Science, 119(6): 1312-1316.
  • Brummer, E.C., Cazcarro, P.M. and Luth, D. 1999. Ploidy determination of alfalfa germplasm accessions using flow cytometry. Crop Science, 39(4): 1202-1207.
  • Chiatante, D., Brusa, P., Levi, M., Sgorbati, S. and Sparvoli, E. 1990. A simple protocol to purify fresh nuclei from milligram amounts of meristematic pea root tissue for biochemical and flow cytometry applications. Physiologia Plantarum, 78(4): 501-506.
  • Craig, F.E. and Foon, K.A. 2008. Flow cytometric immunophenotyping for hematologic neoplasms. Blood, 111(8): 3941-3967.
  • Cvikrová, M., Binarová, P., Cenklová, V., Eder, J., Dolezel, J. and Machácková, I. 2003. Effect of 2aminoindan-2-phosphonic acid on cell cycle progression in synchronous meristematic cells of Vicia faba roots. Plant Science, 164(5): 823-832.
  • Çifci, E.A., Yağdı, K., 2011. Türkiye'de Yetiştirilen Bazı Makarnalık Buğday Çeşitlerinde Genetik Farklılıkların Belirlenmesi. Uludağ Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 25(2): 7-18.
  • Çimen, B., Yeşiloğlu, T., İncesu, M., Yılmaz, B. ve Kaçar, Y.A. 2016. Bazı turunçgil genotiplerinden tetraploid bitki elde edilmesi. Derim, 33(2): 175-188.
  • Çördük, N., Yücel, G., Akinci, N. and Tuna, M. 2017. Assessment of the genetic stability of ındirect shoot organogenesis-derived plantlets of Digitalis trojana Ivanina by flow cytometry and cytological analyses. Journal of Tekirdag Agricultural Faculty, 14(1): 69-76.
  • Demirel, D. 1995. Flow stimetrik DNA analizinin temel prensipleri. Türk Patoloji Dergisi, 11(2): 64-65.
  • Denaeghel, H., Van Laere, K., Leus, L., Van Huylenbroeck, J. and Van Labeke, M.C. 2017. Interspecific hybridization in Sarcococca supported by analysis of ploidy level, genome size and genetic relationships. Euphytica, 213(7): 149.
  • Deveci, M., Yavaş, Ö., Şahin, N. ve Tuna, M. 2018. Flow sitometri ile bazı ıspanak aksesyonlarının çekirdek DNA içeriklerinin belirlenmesi. Turkish Journal of Agriculture - Food Science and Technology, 6(2): 239246.
  • Doležel, J. and Bartoš, J. 2005. Plant DNA flow cytometry and estimation of nuclear genome size. Annals of Botany, 95(1): 99-110.
  • Doležel, J. and Göhde, W. 1995. Sex determination in dioecious plants Melandrium album and M. rubrum using high‐resolution flow cytometry. Cytometry, 19(2): 103-106.
  • Dunphy, C.H. 2004. Applications of flow cytometry and immunohistochemistry to diagnostic hematopathology. Archives of Pathology and Laboratory Medicine, 128(9): 1004-1022.
  • Egesi, C.N., Pillay, M., Asiedu, R. and Egunjobi, J.K. 2002. Ploidy analysis in water yam, Dioscorea alata L. germplasm. Euphytica, 128(2): 225-230.
  • Ersoy, D., Ersoy, Y., Cabi, E., Denli, N., Yetişir, H. ve Tuna, M. 2014. Flow sitometri ile türkiye’nin farklı bölgelerinden toplanmış olan Lagenaria siceraria (Molina) Standl. (Su Kabağı) popülasyonlarının çekirdek DNA içeriklerinin belirlenmesi ve popülasyonların ploidi düzeylerinin saptanması. 10. Sebze Tarımı Sempozyumu, 2-4 Eylül 2014, Tekirdağ, Türkiye, p:181.
  • Göçmen, D.B. 2016. Doğu Anadolu Dağlık Bölgelerinden Toplanmış Phelum L. Popülasyonlarının Agronomik, Morfolojik ve Sitogenetik Karakterizasyonu. Basılmamış Yüksek Lisans Tezi, Namık Kemal Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü.
  • Hopping, M.E. 1993. Preparation and preservation of nuclei from plant tissues for quantitative DNA analysis by flow cytometry. New Zealand Journal of Botany, 31(4): 391-401.
  • Huang, X., Börner, A., Röder, M. and Ganal, M. 2002. Assessing genetic diversity of wheat (Triticum aestivum L.) germplasm using microsatellite markers. Theoretical and Applied Genetics, 105(5): 699-707.
  • Kamiński, P., Podwyszyńska, M., Starzycki, M. and Starzycka-Korbas, E. 2016. Interspecific hybridisation of cytoplasmic male-sterile rapeseed with Ogura cytoplasm and Brassica rapa var. pekinensis as a method to obtain male-sterile Chinese cabbage inbred lines. Euphytica, 208(3): 519-534.
  • Kanev, M. ve Muranlı, F.G. 2016. Flow sitometri ve kullanım alanları. Sakarya University Journal of Science, 20(1): 33-38.
  • Koné, M., Patat-Ochatt, E.M., Conreux, C., Sangwan, R.S. and Ochatt, S.J. 2007. In vitro morphogenesis from cotyledon and epicotyl explants and flow cytometry distinction between landraces of Bambara groundnut [Vigna subterranea (L.) Verdc], an under-utilised grain legume. Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 88(1): 61-75.
  • Lemontey, C., Mousset‐Déclas, C., Munier‐ Jolain, N. and Boutin, J.P. 2000. Maternal genotype influences pea seed size by controlling both mitotic activity during early embryogenesis and final endoreduplication level/cotyledon cell size in mature seed. Journal of Experimental Botany, 51(343): 167-175.
  • Lepers-Andrzejewski, S., Siljak-Yakovlev, S., Brown, S.C., Wong, M. and Dron, M. 2011. Diversity and dynamics of plant genome size: an example of polysomaty from a cytogenetic study of Tahitian vanilla (Vanilla × tahitensis, Orchidaceae). American Journal of Botany, 98(6): 986-997.
  • Lim, K.B., Ramanna, M.S., Jacobsen, E. and Tuyl, J.M. 2003. Evaluation of BC2 progenies derived from 3x-2x and 3x-4x crosses of Lilium hybrids: a GISH analysis. Theoretical and Applied Genetics, 106(3): 568-574.
  • Noori, S.A.S., Norouzi, M., Karimzadeh, G., Shirkool, K. and Niazian, M. 2017. Effect of colchicine-induced polyploidy on morphological characteristics and essential oil composition of ajowan (Trachyspermum ammi L.). Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 130(3): 543-551.
  • Nsabimana, A. and Van Staden, J. 2006. Ploidy investigation of bananas (Musa spp.) from the National Banana Germplasm Collection at Rubona–Rwanda by flow cytometry. South African Journal of Botany, 72(2): 302305.
  • Ochatt, S., Durieu, P., Jacas, L. and Pontécaille, C. 2001. Protoplast, cell and tissue cultures for the biotechnological breeding of grass pea (Lathyrus sativus L.). Lathyrus Lathyrism Newsletter, 2(1): 35-38.
  • Omidbaigi, R., Mirzaee, M., Hassani, M.E. and Sedghi Moghadam, M. 2012. Induction and identification of polyploidy in basil (Ocimum basilicum L.) medicinal plant by colchicine treatment. International Journal of Plant Production, 4(2): 87-98.
  • Ozaki, Y., Narikiyo, K., Fujita, C. and Okubo, H. 2004. Ploidy variation of progenies from intra- and interploidy crosses with regard to trisomic productionin asparagus (Asparagus officinalis L.). Sexual Plant Reproduction, 17(4): 157-164.
  • Örkcü, P., Polat, S., Savaş, G.T. ve Tuna, M. 2014. Türkiye’de yetiştirilen bamya (Abelmoscus esculentus) çeşitinin farklı lokal popülasyonlarının ploidi düzeylerinin flow sitometri ile belirlenmesi. 10. Sebze Tarımı Sempozyumu, 2-4 Eylül 2014, Tekirdağ, p:537.
  • Öz, S. 1995. Balıkesir Edremit Kazdağ Yöresinde Yetişen Sideritis Türlerinde Kromozom Çalışmaları (S. perfoliata L.,S. athoa Papanikolau ve Kokkini, S. dichotoma Huter, S. trojana Bornm.). Basılmamış Yüksek Lisans Tezi, Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü.
  • Palomino, G., Dolezel, J., Mendez, I. and Rubluo, A. 2003. Nuclear genome size analysis of Agave tequilana Weber. Caryologia, 56(1): 37-46.
  • Pati, K., Zhang, F. and Batley, J. 2019. First report of genome size and ploidy of the underutilized leguminous tuber crop yam bean (Pachyrhizus erosus and P. tuberosus) by flow cytometry. Plant Genetic Resources: Characterization and Utilization, 1-4.
  • Pillay, M., Ogundiwin, E., Tenkouano, A. and Dolezel, J. 2006. Ploidy and genome composition of Musa germplasm at the International Institute of Tropical Agriculture (IITA). African Journal of Biotechnology, 5(13): 1224-1232.
  • Pfosser, M., Heberle‐Bors, E., Amon, A. and Lelley, T. 1995. Evaluation of sensitivity of flow cytometry in detecting aneuploidy in wheat using disomic and ditelosomic wheat–rye addition lines. Cytometry: The Journal of the International Society for Analytical Cytology, 21(4): 387-393.
  • Regalado, J.J., Carmona-Martín, E., Querol, V., Veléz, C.G., Encina, C.L. and Pitta-Alvarez, S.I. 2017. Production of compact petunias through polyploidization. Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 129(1): 6171.
  • Roberts, A.V. 2007. The use of bead beating to prepare suspensions of nuclei for flow cytometry from fresh leaves, herbarium leaves, petals and pollen. Cytometry Part A, 71(12): 1039-1044.
  • Roux, N., Toloza, A., Radecki, Z., Zapata-Arias, F.J. and Doležel, J. 2003. Rapid detection of aneuploidy in Musa using flow cytometry. Plant Cell Reports, 21(5): 483-490.
  • Sakiroglu, M. and Kaya, M.M. 2012. Estimating genome size and confirming ploidy levels of wild tetraploid alfalfa accessions (Medicago sativa subsp.× varia) using flow cytometry. Turkish Journal of Field Crops, 17(2): 151-156.
  • Shao, J., Chen, C. and Deng, X. 2003. In vitro induction of tetraploid in pomegranate (Punica granatum). Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 75(3): 241-246.
  • Suda, J. and Trávníček, P. 2006. Reliable DNA ploidy determination in dehydrated tissues of vascular plants by DAPI flow cytometry—new prospects for plant research. Cytometry Part A, 69(4): 273-280.
  • Talluri, R.S. and Murray, B.G. 2009. DNA C ‐values and chromosome numbers in Fuchsia L.(Onagraceae) species and artificial hybrids. New Zealand Journal of Botany, 47(1): 33-37.
  • Tatum, T.C., Nunez, L., Kushad, M.M. and Rayburn, A.L. 2006. Genome size variation in pumpkin (Cucurbita sp.). Annals of Applied Biology, 149(2): 145-151.
  • Tavan, M., Mirjalili, M.H. and Karimzadeh, G. 2015. In vitro polyploidy induction: changes in morphological, anatomical and phytochemical characteristics of Thymus persicus (Lamiaceae). Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 122(3): 573-583.
  • Temsch, E.M., Greilhuber, J., Hammett, K.R. and Murray, B.G. 2008. Genome size in Dahlia Cav.(Asteraceae– Coreopsideae). Plant Systematics and Evolution, 276(3-4): 157-166.
  • Teykin, E.E. 2011. Flow Sitometri İle Bromus catharticus vahl Aksesyonlarının Çekirdek DNA İçeriklerinin Belirlenmesi. Basılmamış Yüksek Lisans Tezi, Namık Kemal Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü.
  • Tuna, G.S., Keleş, H., Göçmen, D., Güleryüz, V., Nizam, İ., Cabi, E., Yazıcı, A., Çakal, Ş. ve Tuna, M. 2016. Flow sitometri ile çok yıllık buğdaygil yem bitkisi genetik kaynaklarının karakterizasyonu. Tarla Bitkileri Merkez Araştırma Enstitüsü Dergisi, 25(ÖZEL SAYI-2): 7-12.
  • Tuna, M., Vogel, K.P., Arumuganathan, K. and Gill, K.S. 2001. DNA content and ploidy determination of bromegrass germplasm accessions by flow cytometry. Crop Science, 41(5): 1629-1634.
  • Tosun, M., 2015. Bitki Islahı. Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Yayınları, Türkiye, 480 s.
  • Yan, J., Zhang, J., Sun, K., Chang, D., Bai, S., Shen, Y., Huang, L., Zhang, J., Zhang, Y. and Dong, Y. 2016. Ploidy level and DNA content of Erianthus arundinaceus as determined by flow cytometry and the association with biological characteristics. Plos One, 11(3): e0151948.
  • Zonneveld, B.J.M. 2001. Nuclear DNA contents of all species of Helleborus (Ranunculaceae) discriminate between species and sectional divisions. Plant Systematics and Evolution, 229(1-2): 125-130.

Flow Cytometry and Plant Breeding

Year 2020, Volume: 34 Issue: 1, 213 - 223, 01.06.2020

Fatih Demirel , Barış Eren , Serap Demirel , Aybüke Erol

Abstract

Plants have a cruial place in the nutrition of both the humankind and the animals. Increasing world population and global warming create problems on food quality and sources. Plant breeding has been applied in many plants in order to increase nutrient quality and yield. Since flow cytometry was discovered, it has been a convenient and useful tool for determining ploidy levels in plant breeding. Flow cytometry is used for different purposes such as characterization of parent plants, determination of chromosome content of offspring plants and polyploidization studies in breeding. In this study flow cytometry and its use in plant breeding are discussed. With the development of technology and automated systems, the use of flow cytometry in agriculture and plant breeding has become widespread. As researchers have increased interest in genome modification studies, it is likely that flow cytometry will be used in different applications.

Keywords

breeding DNA amount FCM plant

References

  • Akbudak, M.A., Paksoy, A. ve Tuna, M. 2018a. Farklı türlere ait yulaf aksesyonlarının genom büyüklüklerinin belirlenmesi ve ploidi seviyelerinin tespiti. Mediterranean Agricultural Sciences, 31(1): 49-54.
  • Akbudak, M.A., Şakiroğlu, M. and Tuna, M. 2018b. Estimation of nuclear DNA content and determination of relationship between altitude and genome size of USDA Turkish oat (Avena spp.) collection. Gesunde Pflanzen, 70(4): 171-178.
  • Altındal, D. ve Akgün, İ. 2015. Bitki genetik kaynakları ve tahıllardaki durumu. Adnan Menderes Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 12(1): 147-153.
  • Ayele, M., Doleže, J., Van Duren, M., Brunner, H. and Zapata-Arias, F.J. 1996. Flow cytometric analysis of nuclear genome of the Ethiopian cereal tef [Eragrostis tef (Zucc.) Trotter]. Genetica, 98(2): 211-215.
  • Bai, D., Scoles, G.J. and Knott, D.R. 1994. Transfer of leaf rust and stem rust resistance genes from Triticum triaristatum to durum and bread wheats and their molecular cytogenetic localization. Genome, 37(3): 410418.
  • Baird, W.V., Estager, A.S. and Wells, J.K. 1994. Estimating nuclear DNA content in peach and related diploid species using laser flow cytometry and DNA hybridization. Journal of the American Society for Horticultural Science, 119(6): 1312-1316.
  • Brummer, E.C., Cazcarro, P.M. and Luth, D. 1999. Ploidy determination of alfalfa germplasm accessions using flow cytometry. Crop Science, 39(4): 1202-1207.
  • Chiatante, D., Brusa, P., Levi, M., Sgorbati, S. and Sparvoli, E. 1990. A simple protocol to purify fresh nuclei from milligram amounts of meristematic pea root tissue for biochemical and flow cytometry applications. Physiologia Plantarum, 78(4): 501-506.
  • Craig, F.E. and Foon, K.A. 2008. Flow cytometric immunophenotyping for hematologic neoplasms. Blood, 111(8): 3941-3967.
  • Cvikrová, M., Binarová, P., Cenklová, V., Eder, J., Dolezel, J. and Machácková, I. 2003. Effect of 2aminoindan-2-phosphonic acid on cell cycle progression in synchronous meristematic cells of Vicia faba roots. Plant Science, 164(5): 823-832.
  • Çifci, E.A., Yağdı, K., 2011. Türkiye'de Yetiştirilen Bazı Makarnalık Buğday Çeşitlerinde Genetik Farklılıkların Belirlenmesi. Uludağ Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 25(2): 7-18.
  • Çimen, B., Yeşiloğlu, T., İncesu, M., Yılmaz, B. ve Kaçar, Y.A. 2016. Bazı turunçgil genotiplerinden tetraploid bitki elde edilmesi. Derim, 33(2): 175-188.
  • Çördük, N., Yücel, G., Akinci, N. and Tuna, M. 2017. Assessment of the genetic stability of ındirect shoot organogenesis-derived plantlets of Digitalis trojana Ivanina by flow cytometry and cytological analyses. Journal of Tekirdag Agricultural Faculty, 14(1): 69-76.
  • Demirel, D. 1995. Flow stimetrik DNA analizinin temel prensipleri. Türk Patoloji Dergisi, 11(2): 64-65.
  • Denaeghel, H., Van Laere, K., Leus, L., Van Huylenbroeck, J. and Van Labeke, M.C. 2017. Interspecific hybridization in Sarcococca supported by analysis of ploidy level, genome size and genetic relationships. Euphytica, 213(7): 149.
  • Deveci, M., Yavaş, Ö., Şahin, N. ve Tuna, M. 2018. Flow sitometri ile bazı ıspanak aksesyonlarının çekirdek DNA içeriklerinin belirlenmesi. Turkish Journal of Agriculture - Food Science and Technology, 6(2): 239246.
  • Doležel, J. and Bartoš, J. 2005. Plant DNA flow cytometry and estimation of nuclear genome size. Annals of Botany, 95(1): 99-110.
  • Doležel, J. and Göhde, W. 1995. Sex determination in dioecious plants Melandrium album and M. rubrum using high‐resolution flow cytometry. Cytometry, 19(2): 103-106.
  • Dunphy, C.H. 2004. Applications of flow cytometry and immunohistochemistry to diagnostic hematopathology. Archives of Pathology and Laboratory Medicine, 128(9): 1004-1022.
  • Egesi, C.N., Pillay, M., Asiedu, R. and Egunjobi, J.K. 2002. Ploidy analysis in water yam, Dioscorea alata L. germplasm. Euphytica, 128(2): 225-230.
  • Ersoy, D., Ersoy, Y., Cabi, E., Denli, N., Yetişir, H. ve Tuna, M. 2014. Flow sitometri ile türkiye’nin farklı bölgelerinden toplanmış olan Lagenaria siceraria (Molina) Standl. (Su Kabağı) popülasyonlarının çekirdek DNA içeriklerinin belirlenmesi ve popülasyonların ploidi düzeylerinin saptanması. 10. Sebze Tarımı Sempozyumu, 2-4 Eylül 2014, Tekirdağ, Türkiye, p:181.
  • Göçmen, D.B. 2016. Doğu Anadolu Dağlık Bölgelerinden Toplanmış Phelum L. Popülasyonlarının Agronomik, Morfolojik ve Sitogenetik Karakterizasyonu. Basılmamış Yüksek Lisans Tezi, Namık Kemal Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü.
  • Hopping, M.E. 1993. Preparation and preservation of nuclei from plant tissues for quantitative DNA analysis by flow cytometry. New Zealand Journal of Botany, 31(4): 391-401.
  • Huang, X., Börner, A., Röder, M. and Ganal, M. 2002. Assessing genetic diversity of wheat (Triticum aestivum L.) germplasm using microsatellite markers. Theoretical and Applied Genetics, 105(5): 699-707.
  • Kamiński, P., Podwyszyńska, M., Starzycki, M. and Starzycka-Korbas, E. 2016. Interspecific hybridisation of cytoplasmic male-sterile rapeseed with Ogura cytoplasm and Brassica rapa var. pekinensis as a method to obtain male-sterile Chinese cabbage inbred lines. Euphytica, 208(3): 519-534.
  • Kanev, M. ve Muranlı, F.G. 2016. Flow sitometri ve kullanım alanları. Sakarya University Journal of Science, 20(1): 33-38.
  • Koné, M., Patat-Ochatt, E.M., Conreux, C., Sangwan, R.S. and Ochatt, S.J. 2007. In vitro morphogenesis from cotyledon and epicotyl explants and flow cytometry distinction between landraces of Bambara groundnut [Vigna subterranea (L.) Verdc], an under-utilised grain legume. Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 88(1): 61-75.
  • Lemontey, C., Mousset‐Déclas, C., Munier‐ Jolain, N. and Boutin, J.P. 2000. Maternal genotype influences pea seed size by controlling both mitotic activity during early embryogenesis and final endoreduplication level/cotyledon cell size in mature seed. Journal of Experimental Botany, 51(343): 167-175.
  • Lepers-Andrzejewski, S., Siljak-Yakovlev, S., Brown, S.C., Wong, M. and Dron, M. 2011. Diversity and dynamics of plant genome size: an example of polysomaty from a cytogenetic study of Tahitian vanilla (Vanilla × tahitensis, Orchidaceae). American Journal of Botany, 98(6): 986-997.
  • Lim, K.B., Ramanna, M.S., Jacobsen, E. and Tuyl, J.M. 2003. Evaluation of BC2 progenies derived from 3x-2x and 3x-4x crosses of Lilium hybrids: a GISH analysis. Theoretical and Applied Genetics, 106(3): 568-574.
  • Noori, S.A.S., Norouzi, M., Karimzadeh, G., Shirkool, K. and Niazian, M. 2017. Effect of colchicine-induced polyploidy on morphological characteristics and essential oil composition of ajowan (Trachyspermum ammi L.). Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 130(3): 543-551.
  • Nsabimana, A. and Van Staden, J. 2006. Ploidy investigation of bananas (Musa spp.) from the National Banana Germplasm Collection at Rubona–Rwanda by flow cytometry. South African Journal of Botany, 72(2): 302305.
  • Ochatt, S., Durieu, P., Jacas, L. and Pontécaille, C. 2001. Protoplast, cell and tissue cultures for the biotechnological breeding of grass pea (Lathyrus sativus L.). Lathyrus Lathyrism Newsletter, 2(1): 35-38.
  • Omidbaigi, R., Mirzaee, M., Hassani, M.E. and Sedghi Moghadam, M. 2012. Induction and identification of polyploidy in basil (Ocimum basilicum L.) medicinal plant by colchicine treatment. International Journal of Plant Production, 4(2): 87-98.
  • Ozaki, Y., Narikiyo, K., Fujita, C. and Okubo, H. 2004. Ploidy variation of progenies from intra- and interploidy crosses with regard to trisomic productionin asparagus (Asparagus officinalis L.). Sexual Plant Reproduction, 17(4): 157-164.
  • Örkcü, P., Polat, S., Savaş, G.T. ve Tuna, M. 2014. Türkiye’de yetiştirilen bamya (Abelmoscus esculentus) çeşitinin farklı lokal popülasyonlarının ploidi düzeylerinin flow sitometri ile belirlenmesi. 10. Sebze Tarımı Sempozyumu, 2-4 Eylül 2014, Tekirdağ, p:537.
  • Öz, S. 1995. Balıkesir Edremit Kazdağ Yöresinde Yetişen Sideritis Türlerinde Kromozom Çalışmaları (S. perfoliata L.,S. athoa Papanikolau ve Kokkini, S. dichotoma Huter, S. trojana Bornm.). Basılmamış Yüksek Lisans Tezi, Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü.
  • Palomino, G., Dolezel, J., Mendez, I. and Rubluo, A. 2003. Nuclear genome size analysis of Agave tequilana Weber. Caryologia, 56(1): 37-46.
  • Pati, K., Zhang, F. and Batley, J. 2019. First report of genome size and ploidy of the underutilized leguminous tuber crop yam bean (Pachyrhizus erosus and P. tuberosus) by flow cytometry. Plant Genetic Resources: Characterization and Utilization, 1-4.
  • Pillay, M., Ogundiwin, E., Tenkouano, A. and Dolezel, J. 2006. Ploidy and genome composition of Musa germplasm at the International Institute of Tropical Agriculture (IITA). African Journal of Biotechnology, 5(13): 1224-1232.
  • Pfosser, M., Heberle‐Bors, E., Amon, A. and Lelley, T. 1995. Evaluation of sensitivity of flow cytometry in detecting aneuploidy in wheat using disomic and ditelosomic wheat–rye addition lines. Cytometry: The Journal of the International Society for Analytical Cytology, 21(4): 387-393.
  • Regalado, J.J., Carmona-Martín, E., Querol, V., Veléz, C.G., Encina, C.L. and Pitta-Alvarez, S.I. 2017. Production of compact petunias through polyploidization. Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 129(1): 6171.
  • Roberts, A.V. 2007. The use of bead beating to prepare suspensions of nuclei for flow cytometry from fresh leaves, herbarium leaves, petals and pollen. Cytometry Part A, 71(12): 1039-1044.
  • Roux, N., Toloza, A., Radecki, Z., Zapata-Arias, F.J. and Doležel, J. 2003. Rapid detection of aneuploidy in Musa using flow cytometry. Plant Cell Reports, 21(5): 483-490.
  • Sakiroglu, M. and Kaya, M.M. 2012. Estimating genome size and confirming ploidy levels of wild tetraploid alfalfa accessions (Medicago sativa subsp.× varia) using flow cytometry. Turkish Journal of Field Crops, 17(2): 151-156.
  • Shao, J., Chen, C. and Deng, X. 2003. In vitro induction of tetraploid in pomegranate (Punica granatum). Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 75(3): 241-246.
  • Suda, J. and Trávníček, P. 2006. Reliable DNA ploidy determination in dehydrated tissues of vascular plants by DAPI flow cytometry—new prospects for plant research. Cytometry Part A, 69(4): 273-280.
  • Talluri, R.S. and Murray, B.G. 2009. DNA C ‐values and chromosome numbers in Fuchsia L.(Onagraceae) species and artificial hybrids. New Zealand Journal of Botany, 47(1): 33-37.
  • Tatum, T.C., Nunez, L., Kushad, M.M. and Rayburn, A.L. 2006. Genome size variation in pumpkin (Cucurbita sp.). Annals of Applied Biology, 149(2): 145-151.
  • Tavan, M., Mirjalili, M.H. and Karimzadeh, G. 2015. In vitro polyploidy induction: changes in morphological, anatomical and phytochemical characteristics of Thymus persicus (Lamiaceae). Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 122(3): 573-583.
  • Temsch, E.M., Greilhuber, J., Hammett, K.R. and Murray, B.G. 2008. Genome size in Dahlia Cav.(Asteraceae– Coreopsideae). Plant Systematics and Evolution, 276(3-4): 157-166.
  • Teykin, E.E. 2011. Flow Sitometri İle Bromus catharticus vahl Aksesyonlarının Çekirdek DNA İçeriklerinin Belirlenmesi. Basılmamış Yüksek Lisans Tezi, Namık Kemal Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü.
  • Tuna, G.S., Keleş, H., Göçmen, D., Güleryüz, V., Nizam, İ., Cabi, E., Yazıcı, A., Çakal, Ş. ve Tuna, M. 2016. Flow sitometri ile çok yıllık buğdaygil yem bitkisi genetik kaynaklarının karakterizasyonu. Tarla Bitkileri Merkez Araştırma Enstitüsü Dergisi, 25(ÖZEL SAYI-2): 7-12.
  • Tuna, M., Vogel, K.P., Arumuganathan, K. and Gill, K.S. 2001. DNA content and ploidy determination of bromegrass germplasm accessions by flow cytometry. Crop Science, 41(5): 1629-1634.
  • Tosun, M., 2015. Bitki Islahı. Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Yayınları, Türkiye, 480 s.
  • Yan, J., Zhang, J., Sun, K., Chang, D., Bai, S., Shen, Y., Huang, L., Zhang, J., Zhang, Y. and Dong, Y. 2016. Ploidy level and DNA content of Erianthus arundinaceus as determined by flow cytometry and the association with biological characteristics. Plos One, 11(3): e0151948.
  • Zonneveld, B.J.M. 2001. Nuclear DNA contents of all species of Helleborus (Ranunculaceae) discriminate between species and sectional divisions. Plant Systematics and Evolution, 229(1-2): 125-130.
There are 57 citations in total.

Details

Primary Language Turkish
Subjects Botany
Journal Section Review
Authors

Fatih Demirel 0000-0002-6846-8422

Barış Eren 0000-0002-3852-6476

Serap Demirel 0000-0002-3102-4924

Aybüke Erol This is me 0000-0002-0368-5434

Publication Date June 1, 2020
Submission Date September 5, 2019
Published in Issue Year 2020 Volume: 34 Issue: 1

Cite

APA Demirel, F., Eren, B., Demirel, S., Erol, A. (2020). Flow Sitometri ve Bitki Islahı. Bursa Uludağ Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 34(1), 213-223.
 Download Cover Image

TR Dizin kriterleri gereği dergimize gönderilecek olan makalelerin mutlaka aşağıda belirtilen hususlara uyması gerekmektedir.

Tüm bilim dallarında yapılan, ve etik kurul kararı gerektiren klinik ve deneysel insan ve hayvanlar üzerindeki çalışmalar için ayrı ayrı etik kurul onayı alınmış olmalı, bu onay makalede belirtilmeli ve belgelendirilmelidir.
Makalelerde Araştırma ve Yayın Etiğine uyulduğuna dair ifadeye yer verilmelidir.
Etik kurul izni gerektiren çalışmalarda, izinle ilgili bilgiler (kurul adı, tarih ve sayı no) yöntem bölümünde ve ayrıca makale ilk/son sayfasında yer verilmelidir.
Kullanılan fikir ve sanat eserleri için telif hakları düzenlemelerine riayet edilmesi gerekmektedir.
Makale sonunda; Araştırmacıların Katkı Oranı beyanı, varsa Destek ve Teşekkür Beyanı, Çatışma Beyanı verilmesi.
Etik Kurul izni gerektiren araştırmalar aşağıdaki gibidir.
- Anket, mülakat, odak grup çalışması, gözlem, deney, görüşme teknikleri kullanılarak katılımcılardan veri toplanmasını gerektiren nitel ya da nicel yaklaşımlarla yürütülen her türlü araştırmalar
- İnsan ve hayvanların (materyal/veriler dahil) deneysel ya da diğer bilimsel amaçlarla kullanılması,
- İnsanlar üzerinde yapılan klinik araştırmalar,
- Hayvanlar üzerinde yapılan araştırmalar,
- Kişisel verilerin korunması kanunu gereğince retrospektif çalışmalar,
Ayrıca;
- Olgu sunumlarında “Aydınlatılmış onam formu”nun alındığının belirtilmesi,
- Başkalarına ait ölçek, anket, fotoğrafların kullanımı için sahiplerinden izin alınması ve belirtilmesi,
- Kullanılan fikir ve sanat eserleri için telif hakları düzenlemelerine uyulduğunun belirtilmesi.



Makale başvurusunda;

(1) Tam metin makale, Dergi yazım kurallarına uygun olmalı, Makalenin ilk sayfasında ve teşekkür bilgi notu kısmında Araştırma ve Yayın Etiğine uyulduğuna ve Etik kurul izni gerektirmediğine dair ifadeye yer verilmelidir. Etik kurul izni gerektiren çalışmalarda, izinle ilgili bilgiler (kurul adı, tarih ve sayı no) yöntem bölümünde ve ayrıca makale ilk/son sayfasında yer verilmeli ve sisteme belgenin yüklenmesi gerekmektedir. (Dergiye gönderilen makalelerde; konu ile ilgili olarak derginin daha önceki sayılarında yayımlanan en az bir yayına atıf yapılması önem arz etmektedir. Dergiye yapılan atıflarda “Bursa Uludag Üniv. Ziraat Fak. Derg.” kısaltması kullanılmalıdır.)

(2) Tam metin makalenin taratıldığını gösteren benzerlik raporu (Ithenticate, intihal.net) (% 20’nin altında olmalıdır),

(3) İmzalanmış ve taratılmış başvuru formu, Dergi web sayfasında yer alan başvuru formunun başvuran tarafından İmzalanıp, taratılarak yüklenmesi , (Ön yazı yerine)

(4) Tüm yazarlar tarafından imzalanmış telif hakkı devir formunun taranmış kopyası,

(5) Araştırmacıların Katkı Oranı beyanı, Çıkar Çatışması beyanı verilmesi Makale sonunda; Araştırmacıların Katkı Oranı beyanı, varsa Destek ve Teşekkür Beyanı, Çatışma Beyanı verilmesi ve sisteme belgenin (Tüm yazarlar tarafından imzalanmış bir yazı) yüklenmesi gerekmektedir.

Belgelerin elektronik formatta DergiPark sistemine https://dergipark.org.tr/tr/login adresinden kayıt olunarak başvuru sırasında yüklenmesi mümkündür. 


25056 

Journal of Agricultural Faculty of Bursa Uludag University is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.