Doğal Tetraploid Trifolium pratense L. Rejenerantlarında RAPD Markırları Kullanılarak Somaklonal Varyasyonun Belirlenmesi

Year 2019, Volume: 3 Issue: 1, 19 - 26, 30.06.2019

Havva Atar Hatice Çölgeçen , Yeşim Korkmaz Kasap

https://doi.org/10.31594/commagene.541274

Abstract

Trifolium pratense L., Avrupa, Kuzey Amerika, Anadolu'da yaygın
olan yetişen tarımsal bir baklagildir. T.
pratense L. Anadolu'da büyük çeşitlilik gösterdiği için Anadolu köken
merkezi olarak kabul edilmiştir. Bu çalışma, in vitroda üretilen doğal
tetraploid T. pratense L.
rejeneratları ve donör bitkileri arasındaki somaklonal değişimi RAPD
tekniklerini kullanarak analiz etmeyi amaçlamıştır. Bu çalışmada, 1 mg/1 NAA +
3 mg/1 BAP içeren PC - L2 besiyerine bitki büyüme düzenleyicisi içermeyen MS
ortamında çimlendirilen aseptik bitkilerin apikal meristemleri ekilerek
rejenerasyon yapılmıştır. Bu araştırmada, somaklonal varyasyonu saptamak için 8
farklı primer kullanılarak RAPD tekniği uygulanmıştır. Primerlerin tümü
polimorfizm göstermiştir. En düşük polimorfizm yüzdesi, % 17.07 (D2-C2) ile 2
numaralı klon ve donör arasında görülmüş, en yüksek polimorfizm yüzdesi % 60.21
(D4-C4) ile 4 numaralı klon arasında görülmüştür. En yüksek varyasyon farkı
donör D2 (toplam 123 bant) ve D6 (toplam 86 bant) arasında görülmüştür.

Keywords

Trifolium pratense L., bitki rejenerasyonu, somaklonal varyasyon

Analysis of Somaclonal Variation in Natural Tetraploid Trifolium pratense L. Regenerants Using RAPD Markers

Abstract

Trifolium pratense L. is an agricultural legume which is grown
mainly in Europe, North America, and Anatolia. As the plant shows great
diversity in Anatolia, Anatolia was accepted as the center of the origin of T. pratense L. This study aimed to
analyze somaclonal variation among natural tetraploid T. pratense L. regenerants propagated
in vitro and their donor
plants by using RAPD techniques. In this study, for regeneration, the apical
meristems of aseptic plants germinated on hormone-free MS medium were used,
then they were transfered on PC - L2 medium containing 1 mg/l NAA + 3 mg/l BAP.
In this research, RAPD techniques including 8 different primers were used to
detect somaclonal variation. As a result, all of the primers showed
polymorphism. The lowest polymorphism percentage was seen between number 2
clone and donor with 17.07% (D₂-C₂), the highest
polymorphism percentage was seen between number 4 clone and donor with 60.21%
(D₄-C₄). The highest variation difference was seen
between donors D2 (a total of 123 bands) and D6 (total 86 bands).

Keywords

Trifolium pratense L., plant regeneration, somaclonal variation

References

• Algan, G., & Büyükkartal, N.H. (1999). Tetraploid Çayırüçgülü (Trifolium pratense L.)’nde apomiktik gelişme. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 23, 519-525.
• Aydın, S.Ö. (2004). RAPD (rastgele arttırılmış polimofik dna) belirleyicileri ve bitki sistematiği. DPÜ Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 6, 113-130.
• Arslan, E. (2004). RAPD-PCR yöntemiyle Türkiye’deki Hyacinthella Schur (Liliaceae) türleri arasındaki polimorfizm ve filogenetik ilişkilerin belirlenmesi. Selçuk Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi, 23, 27-32.
• Çölgeçen, H., & Toker, M.C. (2008). Plant regeneration of natural tetraploid Trifolium pratense L. Biological Research, 41, 25-31.
• Çölgeçen, H., Koca, U., & Büyükkartal, H.N. (2011). Use of Red Clover (Trifolium pratense L.) seeds in Human Therapeutics. Nuts and Seeds in Health and Disease Prevention, Chapter 115, 975-980.
• Hossain, A., Konisho, K., Minami, M., & Nemoto, K. (2003). Somaclonal variation of regenerated plants in chili pepper (Capsicum annuum L.). Euphytica, 130, 233-239.
• Karataş, A., & Ağaoğlu, Y.S. (2006). Güneydoğu Anadolu Bölgesi Üzüm Çesitlerine Ait DNA’ların Miktar ve Saflıkları Üzerine Bir Araştırma. Harran Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 10, 83-90.
• Khan, S.Y., Ahmad, D., Adnan, M., & Khan, M.A.K. (2014). The effect of somaclonal variation on salt tolerance and glycoalkaloid content of potato tubers. Australian Journal of Crop Science, 8(12), 1597-1606.
• Kongkiatngam, P., Waterway, M.J., Coulman, B.E., & Fortin, M.G. (1996). Genetic variation among cultivars of red clover (Trifolium pratense L.) detected by RAPD markers amplified from bulk genomic DNA. Euphytica, 89, 355-361.
• Kumar, N.S. & Gurusubramanian, G. (2011). Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers and its applications. Science Vision, 11(3), 116-124.
• Lefort, F., Lally, M., Thompon, D., & Douglas, G.C. (1998). Morphological traits microsatellite fingerprinting and genetic relatedness of a stand of elite Oaks. Silvae Genetica, 47, 5-6.
• Filiz, E., & Koç, İ. (2011). Bitki Biyoteknolojisinde Moleküler Markörler. Gaziasmanpaşa Üniversitesi, Ziraat Fakültesi Dergisi, 28(2), 207-214.
• Patil, D.M., Sawardekar, S.V., Gokhale, N.B., Bhave, S.G., Sawant, S.S., Sawantdesai, S.A., Lipne, K., Sabale, S.N., & Joshi, S.N. (2013). Genetic diversity analysis in cowpea by using RAPD markers. International Journal of Innovative Biotechnology and Biochemistry, 1, 15-23.
• Polanco, C., & Ruiz, M.L. (2002). AFLP analysis of somaclonal variation in Arabidopsis thaliana regenerated plants. Plant Science, 162, 817-824.
• Sheidai, M., Aminpoor, H., Noormohammadi Z., & Farahani, F. (2008). RAPD analysis of somaclonal variation in banana (Musa acuminate L.) cultivar Valery. Acta Biologica Szegediensis, 52(2), 307-311.
• Soniya, E.V., Banerjee, N.S., & Das, M.R. (2011). Genetic analysis of somaclonal variation among callus-derived plants of tomato. Current Science, 80, 1213-1215.
• Williams, J.G.K., Kubelik, A.R., Livak, K.J., Rafalski, J.A., & Tingey, S.V. (1990). DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetics markers. Nucleic Acids Research, 18, 6531-6535.