Detection and Molecular Characterization of Grapevine Fanleaf Virus in Vineyards of Çanakkale Province

Year 2024, Volume: 39 Issue: 1, 220 - 230, 28.06.2024

Ayşenur Şirin , Ali Karanfil , Savaş Korkmaz

Abstract

Diseases and pests are among the most important factors that reduce productivity and quality in vineyards. Among these, virus diseases are very important because they are difficult to combat. As a result of studies carried out in vineyard areas, many virus diseases have been identified. One of these virus diseases is grapevine fanleaf virus (GFLV). Although many studies have been conducted on GFLV in Türkiye, most studies have focused on detecting the virus. This study was carried out to identify the agent and molecular characterization of its isolates. For this purpose, samples were taken from 60 plants showing virus and virus-like symptoms in the vineyard production areas of Çanakkale province and its districts and tested using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) with GFLV-specific primer pair. As a result of the tests performed, GFLV infection was detected in 34 of the samples collected. The GFLV infection rate in the collected samples was 56.66%. The most striking symptom type in infected samples was determined to be yellowish chlorosis and leaf deformations on the leaves. For molecular characterization of the isolates, 4 isolates obtained from the infected samples were selected and their similarities and phylogenetic relationships among themselves and with world isolates were investigated based on the coat protein (CP) gene region. As a result of molecular characterization studies, it was determined that Turkish and world isolates showed 85% or more sequence similarity. As a result of phylogenetic analysis, it was determined that Turkish isolates were distributed into two different groups.

Keywords

GFLV, RT-PCR, Similarity, Phylogenetic

Project Number

FYL-2021-3747

Çanakkale İli Bağ Alanlarında Grapevine Fanleaf Virus İzolatlarının Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

Bağ alanlarında verim ve kaliteyi düşüren en önemli faktörlerin başında hastalık ve zararlılar gelmektedir. Bunların içerisinde mücadelenin zor olması nedeni ile virüs hastalıkları büyük bir öneme sahiptir. Bağ alanlarında gerçekleştirilen çalışmalar neticesinde çok sayıda virüs hastalığı tanımlanmıştır. Bu virüs hastalıklarından bir tanesi de grapevine fanleaf virus (GFLV)’dur. GFLV ile ilgili olarak ülkemizde çok sayıda çalışma yapılmasına rağmen, çalışmaların büyük bir kısmı virüsün tespitine yönelik olmuştur. Bu çalışma etmenin tespiti ve izolatlarının moleküler karakterizasyonu amacı ile yürütülmüştür. Bu amaçla Çanakkale ili ve ilçeleri bağ üretim alanlarında virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 60 bitkiden örnekler alınarak GFLV spesifik primer çifti ile ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) kullanılarak testlenmiştir. Gerçekleştirilen testlemeler sonucunda toplanılan örneklerin 34’ünde GFLV enfeksiyonu tespit edilmiştir. Toplanılan örneklerdeki GFLV enfeksiyon oranı ise %56.66 olmuştur. Enfekteli örneklerde en dikkat çeken simptom tipi yapraklardaki sarımtrak klorozlar ve yaprak deformasyonları olarak belirlenmiştir. İzolatların moleküler karakterizasyonu amacı ile enfekteli olarak bulunan örneklerden elde edilen 4 izolat seçilerek kendi içlerinde ve dünya izolatları ile CP gen bölgesine göre göstermiş oldukları benzerlik ve filogenetik ilişkileri araştırılmıştır. Moleküler karakterizasyon çalışmaları sonucunda Türk ve dünya izolatlarının birbirleri ile %85 ve üzeri sekans benzerliği gösterdiği saptanmıştır. Filogenetik analizler sonucunda ise Türk izolatlarının iki farklı gruba dağılım gösterdiği belirlenmiştir.

Keywords

GFLV, RT-PCR, Benzerlik, Filogenetik

Supporting Institution

Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

Project Number

FYL-2021-3747

Thanks

Bu çalışma, Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: FYL-2021-3747.

References

• Avgelis, A. D., Tzortzakakis, E. A. (1997) Occurrence and distribution of Xiphinema species and grape fanleaf nepovirus in vineyards of the Greek island of Samos. Nematologia Mediterranea 25: 177-182.
• Cepin, U., Gutiérrez-Aguirre, I., Balažic, L., Pompe-Novak, M., Gruden, K., Ravnikar, M. (2010) A one-step reverse transcription real-time PCR assay for the detection and quantitation of Grapevine fanleaf virus. Journal of Virological Methods 170 (1-2): 47-56.
• Cigsar, I., Digiaro, M., Martelli, G.P. (2002). Sanitary status of grapevines in south‐eastern and central Anatolia (Turkey). EPPO Bulletin 32 (3): 471-475.