Gıda, yem ve tohumda multipleks GDO tarama testi geliştirilmesi ve validasyon çalışmaları

Year 2024, Issue: 31, 23 - 32, 13.02.2024

Nihal Akman Adnan Fatih Dağdelen

https://doi.org/10.56833/gidaveyem.1386888

Abstract

Giriş: Genetik Modifiye Organizmaların (GDO) kontrol analizlerinin ilk aşamasında GDO tarama analizi yer almaktadır. GDO’lu ürünlerin %90’ından fazlasında genetik modifikasyonu gösteren bölgeler; 35S promotor, NOS terminator ve FMV promotor bölgeleridir. Ticari kitler de genel olarak bu bölgeleri taramak için üretilmiştir. Bu bölgeler tarandığında daha az ileri analize ihtiyaç duyulmaktadır. Ticari kitler kullanım kolaylığı sağlaması nedeni ile tercih edilmekte ancak analiz maliyetini artırmaktadır. Bu çalışmada multipleks test materyalinin laboratuvar içi metot olarak hazırlanması ile maliyetin düşürülmesi amaçlanmıştır.
Materyal ve yöntem: Çalışmada ilk etapta bileşenler uygun oranlarda karıştırılarak GDO tarama testi hazırlanmıştır. Bu tarama testi ile daha sonra sertifikalı referans madde (CRM), gıda ve yem matrikslerinde validasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir.
Tartışma ve sonuç: Planlanan bu çalışma sonucunda LOD (tespit limiti) seviyesi 10 DNA kopyası olan hassas ve analiz maliyeti ticari kite oranla daha düşük multipleks GDO tarama testi geliştirilmiştir. Bu testin yanlış negatiflik ve yanlış pozitiflik oranları %0 bulunmuştur. Asimetrik LOD sonucu tüm bölgeler için 10 kopya/10000 kopya olmuştur. Şartlardaki küçük değişiklikler ile 30 DNA kopyasının pozitif sonuç vermesi bu tarama testinin sağlamlık kriterine uygun olduğunu göstermiştir.

Keywords

GDO, 35S, NOS, FMV, multipleks, validasyon, PCR

References

• Anonim (2010). 5977 Sayılı Biyogüvenlık Kanunu. T. C. Resmi Gazete, 27533, 26 Mart 2010.
• Anonim (2018). GDO Analizlerinde Verifikasyon Rehberi. T. C. Tarım ve Orman Bakanlığı Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü, Nisan 2018.
• Arvas, Y. E., ve Kaya, Y. (2019). Genetiği değiştirilmiş bitkilerin biyolojik çeşitliliğe potansiyel etkileri. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi, 29 (1), 168-177.
• Atsan, T. ve Kaya, T. E. (2008). Genetiği Değiştirilmiş Organizmaların (GDO) Tarım ve İnsan Sağlığı Üzerine Etkileri. Uludağ Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 22 (2), 1-6.
• Bahrdt, C., Krech, A. B., Wurz, A., and Wulff, D. (2010). Validation of a newly developed hexaplex real-time PCR assay for screening for presence of GMOs in food, feed and seed. Analytical and Bioanalytical Chemistry, 396 (6), 2103-2112.
• Broeders, S., Huber, I., Grohmann, L., Berben, G., Taverniers, I., Mazzara, M.,... and Morisset, D. (2014). Guidelines for validation of qualitative real-time PCR methods. Trends in Food Science and Technology, 37 (2), 115-126.
• Clive, J. (2009). Global status of commercialized biotech/GM crops: 2009. ISAAA brief,41.
• Cottenet, G., Blancpain, C., Sonnard, V., and Chuah, P. F. (2019). Two FAST multiplex real-time PCR reactions to assess the presence of genetically modified organisms in food. Food chemistry, 274, 760-765.
• Çetinkaya, N., Erdem, F. Çelik, C. (2019). Resmi metotlarla GDO’lu yem/ürün analiz yöntemleri. GDO’lu Yem Maddeleri ve Hayvan Beslemede Kullanımı. Türkiye Klinikleri; p.7-1
• Debode, F., Huber, I., Macarthur, R., Rischitor, P. E., Mazzara, M., Herau, V.,... and Zel, J. (2017). Inter-laboratory studies for the validation of two singleplex (tE9 and pea lectin) and one duplex (pat/bar) real-time PCR methods for GMO detection. Food Control, 73, 452-461.
• Dörries, H. H., Remus, I., Grönewald, A., Grönewald, C., and Berghof-Jäger, K. (2010). Development of a qualitative, multiplex real-time PCR kit for screening of genetically modified organisms (GMOs). Analytical and Bioanalytical Chemistry, 396 (6), 2043-2054.
• ENGL (2015). European Network of GMO Laboratories,‘Definition of Minimum Performance Requirements for Analytical Methods of GMO Testing’.
• ENGL (2017). European Network of GMO Laboratories,‘Verification of analytical methods for GMO testing when implementing interlaboratory validated methods’.
• ENGL (2021). European Network of GMO Laboratories,‘Guidance document on multiplex real-time PCR methods’.
• Eugster, A., Murmann, P., Kaenzig, A., and Breitenmoser, A. (2014). Development and validation of a P-35S, T-nos, T-35S and P-FMV tetraplex real-time PCR screening method to detect regulatory genes of genetically modified organisms in food. CHIMIA International Journal for Chemistry, 68 (10), 701-704.
• Eurofıns Genespin (2016). Kit for isolation of high-quality DNA from food and feed samples.
• European Commission (2011). JRC Compendium of Reference Methods for GMO Analysis (SC/ELE/013).
• European Commission (2017). Qualitative PCR method for detection of Figwort Mosaic Virus 35S promoter (QL-ELE-00-015).
• Grohmann, L., Belter, A., Speck, B., Goerlich, O., Guertler, P., Angers-Loustau, A., and Patak, A. (2017). Screening for six genetically modified soybean lines by an event-specific multiplex PCR method: Collaborative trial validation of a novel approach for GMO detection. Journal of Consumer Protection and Food Safety, 12 (1), 23-36.
• Guo, J., Chen, L., Liu, X., Gao, Y., Zhang, D., and Yang, L. (2012). A multiplex degenerate PCR analytical approach targeting to eight genes for screening GMOs. Food chemistry, 132 (3), 1566-1573.
• Gruden, K., Allnutt, T. R., Ayadi, M., Baeumler, S., Bahrdt, C., Berben, G., ... and Žel, J. (2012). Reliability and cost of GMO detection. Genetically Modified and Non‐Genetically Modified Food Supply Chains: Co‐Existence and Traceability, 307-332.
• Güngör, E., ve Demiryürek, K. (2021). Türkiye’de Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar. Tarım Ekonomisi Araştırmaları Dergisi, 7 (2), 140-154.
• Hançerlioğulları, B. Z., ve Yılmaz, R. (2023). Screening of P-35S, P-FMV, and T-NOS genetic elements in microwave-treated genetically modified cereal flours. Molecular Biology Reports, 1-10.
• Huber, I., Block, A., Sebah, D., Debode, F., Morisset, D., Grohmann, L.,... and Busch, U. (2013). Development and validation of duplex, triplex, and pentaplex real-time PCR screening assays for the detection of genetically modified organisms in food and feed. Journal of Agricultural and food chemistry, 61 (43), 10293-10301.
• ISAA (2023), Pocket K No. 16: Biotech Crop Highlights in 2019, https://www.isaaa.org/resources/publications/pocketk/16/, (erişim tarihi 08.03.2023)
• Kağıt, Y., ve Aslan, N. (2022). Tarımda Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar Sorunsalları ve Türkiye’nin Durumu. Lectio Socialis, 6 (1), 23-38.
• Öcal, E. E., ve Işıklı, B. (2019). Genetiği Değiştirilmiş Organizmalar Yararlı Mı, Zararlı Mı?-Genetically Modified Organisms: Useful Or Harmful? Estüdam Halk Sağlığı Dergisi, 4(1), 71-79.
• Şen, S. ve Altınkaynak, S. (2014). Genetiği değiştirilmiş gıdalar ve potansiyel sağlık riskleri. Sakarya University Journal of Science, 18 (1) , 31-38.
• Somma, M. (2006) The Analysis of Food Samples for the Presence of Genetically Modified Organisms, Training Course On, Session 4.
• Taberlet, P., Gielly, L., Pautou, G., Bouvet, J. (1991). Universal primers for amplification of three non-coding regions of chloroplast DNA. Plant molecular biology, 17 (5), 1105-1109.
• Waiblinger, H. U., Ernst, B., Anderson, A., and Pietsch, K. (2008). Validation and collaborative study of a P35S and T-nos duplex real-time PCR screening method to detect genetically modified organisms in food products. European Food Research and Technology, 226 (5), 1221-1228.
• Şen, S. ve Altınkaynak, S. (2014). Genetiği değiştirilmiş gıdalar ve potansiyel sağlık riskleri. Sakarya Un iversity Journal of Science, 18 (1) , 31-38.