Bazı <i>Inocybe</i> (Fr.) Fr. Taksonlarının Morfolojik ve Moleküler Yöntemlerle Karakterizasyonu

Year 2017, Volume: 21 Issue: 2, 659 - 665, 01.03.2017

Bekir Çöl , İsmail Şen , Hakan Allı , Gökçe Has Ezgin Tırpan

https://doi.org/10.19113/sdufbed.89543

Cited By: 2

Abstract

Dünyada birçok ekosistemde yayılış gösteren Inocybe, cins düzeyinde teşhisi kolay olmasına rağmen, morfolojik özelliklerinin birbirine yakın olmasından dolayı, tür düzeyinde tayini zaman alabilmektedir. Bu nedenle, Inocybe cinsi son yıllardaki moleküler tekniklerdeki gelişmelerin etkisiyle filogenetik olarak değerlendirilmektedir. Yapılan filogenetik analizler, cins içindeki taksonomik problemlerin ortadan kaldırılabilmesi için kullanışlı veriler sunmaktadır. Bu kapsamda, Kütahya yöresinden toplanan Inocybe örneklerinin morfolojik ve moleküler analizi yapılarak cins içindeki filogenetik pozisyonlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bunun için, örneklerin ITS bölgesinin sekansları çıkartılmış, GenBank’tan alınan diğer sekanslarla karşılaştırılarak analiz edilmiştir. Yapılan morfolojik ve filogenetik analizler sonucunda, araştırma bölgesinden I. calida, I. cervicolor ve I. rimosa taksonları belirlenmiştir. Ayrıca, bu taksonların yer aldığı Cervicolores, Marginatae ve Rimosa seksiyonları filogenetik olarak değerlendirilmiş ve türler arasındaki morfolojik farklılıklar incelenmiştir.

Keywords

Inocybe (Fr.) Fr., Taksonomi; ITS; Moleküler filogeni; Kütahya

References

• [1] Matheny, P.B., Aime, M.C., Bougher, N.L., Buyck, B., Desjardin, D.E., Horak, E., Kropp, B.R., Lodge, D.J., Soytong, K., Trappe, J.M., Hibbett, D.S. 2009. Out of the Palaeotropics? Historical Biogeography and Diversification of the Cosmopolitan Ectomycorrhizal Mushroom Family Inocybaceae. Journal of Biogeography, 36, 577-592.
• [2] Kirk, P.M., Cannon, P.F., Minter D.W., Stalpers J.A. 2008. Dictionary of the Fungi, 10th Edition. CABI, Wallingford.
• [3] Solak, M.H., Işıloğlu, M., Kalmış, E., Allı, H. 2007. Macrofungi of Turkey, Checklist Vol. 1. Genç Üniversiteliler Ofset, İzmir.
• [4] Solak, M.H., Işıloğlu, M., Kalmış, E., Allı, H. 2015. Macrofungi of Turkey, Checklist Vol. 2. Üniversiteliler Ofset, İzmir.
• [5] Jacobsson, S. 2008. Inocybe (Fr.) Fr. ss 868 – 906. Knudsen, H., Vesterholt, J., ed. 2008. Funga Nordica, Agaricoid, Boletoid and Cyphelloid Genera, Nordswamp, Copenhagen.
• [6] Kuyper, T.W. 1986. A Revision of the Genus Inocybe in Europe. Persoonia, Suppl. Vol. 3. (1986), 1- 247.
• [7] Seress, D., Dima, B., Kovács, G.M. 2015. Characterisation of Seven Inocybe Ectomycorrhizal Morphotypes from a Semiarid Woody Steppe. Mycorrhiza, 26, 215 – 225.
• [8] Mathaney, P.B. 2005. Improving phylogenetic Inference of Mushrooms with RPB1 and RPB2 Nucleotide Sequences (Inocybe; Agaricales). Molecular Phylogenetics and Evolution 35, 1 – 20.
• [9] Larsson, E., Ryberg, M., Moreau, P.A., Mathiesen, A.D., Jacobsson, S. 2009. Taxonomy and Evolutionary Relationships within Species of Section Rimosae (Inocybe) Based on ITS, LSU and mtSSU Sequence Data. Persoonia, 23, 86 – 98.
• [10] Latha, K.P., Manimohan, P., Matheny, P.B, 2016. A new species of Inocybe representing the Nothocybe lineage. Phytotaxa 267(1):40-50
• [11] Ryberg, M., Nilsson, R.H., Kristianson, E., Töpel, M., Jacobsson, S., Larsson, E. 2008. Mining Metadata from Unidentified ITS Sequences in GenBank: A Case Study in Inocybe (Basidiomycota), BMC Evolutionary Biology, 8, 50 – 64.
• [12] White, T. J., Bruns, T. D., Lee, S. B., Taylor, J.W. 1990. Amplification and Direct Sequencing of Fungal Ribosomal RNA Genes for Phylogenetics. Innis, M.A., Gelfand, D.H., Sninsky, J.J., White, T.J. ed. 1990. PCR Protocols – A Guide to Methods and Applications, Academic Press, San Diego.
• [13] Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D.I., Filipski, A., Kumar, S. 2013. MEGA 6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Molecular Biology and Evolution 30, 2725 – 2729.
• [14] Kimura, M. 1980. A Simple Method for Estimating Evolutionary Rate of Base Substitutions Through Comparative Studies of Nucleotide Sequences. Journal of Molecular Evolution, 16, 111 – 120.