Genetic Diversity Analysis of Aydın/Turkey Dittrichia viscosa (L). Greuter ( Asteraceae) Populations Using of RAPD Markers

Year 2019, Volume: 6 Issue: 2, 148 - 152, 22.04.2019

Emre Sevindik , Sefa Uzun Mehmet Yavuz Paksoy

Abstract

In this study, we performed a genetic diversity
using RAPD markers for some Dittrichia
viscosa populations grown in the Aydın region of Turkey. Total genomic DNA
isolation from the leaves of Dittrichia
viscosa was performed using commercial kit. eight RAPD primers were used to
determine genetic diversity among populations. Polymerase Chain Reaction (PCR) was performed with all DNA samples
and primers with ability of scoreing Band. PCR products were run in agarose gel
and visualized under UV light. They scored as there were bands (1) and no bands
(0) at all gel images and their files were created. A total of 50 characters
were obtained from the primers. Phylogenetic relationships and genetic
distances between the cultivars were calculated by using the PAUP 4.0b10* analysis program.
According to the PAUP data, the closest genetic distance was determined 0.20000
and between Merkez and İncirliova populations, the most distant genetic
distance were determined 0.64000 between Koçarlı and Çakmar, İncirliova and
Koçarlı populations. In the phylogenetic analysis has been obtained using UPGMA
algorithms and phylogenetic tree consist of two clades. The results also
propose that RAPD markers are useful tools for indicating genetic relationships
among Dittrichia viscosa populations.

Keywords

Dittrichia viscosa, RAPD, genetic diversity, Turkey

Aydın/Türkiye’de Yayılış Gösteren Dittrichia viscosa (L). Greuter ( Asteraceae) Popülasyonlarının RAPD Markırları ile Genetik Çeşitliliği

Abstract

Bu çalışmada, Türkiye'nin Aydın bölgesinde yayılış
gösteren Dittrichia viscosa
popülasyonlarının RAPD markırları kullanılarak genetik çeşitliliği
gerçekleştirilmiştir. Dittrichia viscosa
örneklerinin yapraklarından genomik DNA izolasyonu ticari kit kullanılarak
gerçekleştirildi. Sekiz adet RAPD primeri popülasyonlar arasındaki genetik
çeşitliliği belirlemek için kullanılmıştır Polimeraz Zincir Reaksiyonu,  DNA örnekleri ve primerler kullanılarak
gerçekleştirildi. PCR ürünleri agaroz jel elektroforezinde yürütülüp, UV ışığı
altında görüntülendi. Tüm jel görüntüleri incelenmiş olup polimorfik bantların
varlığı ve yokluğu 0 ve 1 olarak skorlandı. Primerlerden toplam 50 karakter
elde edildi. Popülasyonlar arasındaki filogenetik ağaç ve genetik uzaklıklar
PAUP 0 4.0b10 analiz programı kullanılarak hesaplandı. PAUP analizine göre, en
yakın genetik mesafe 0.20000 değer ile Merkez ve İncirliova popülasyonları
arasında iken, en uzak genetik mesafe 0.64000 değer ile Koçarlı ve Çakmar,
İncirliova ve Koçarlı popülasyonları arasında çıkmıştır. Filogenetik ağaç UPGMA
algoritması kullanılarak elde edilmiş olup, ağaç iki kladdan oluşmuştur. Sonuçlar,
RAPD markırlarının Dittrichia viscosa
popülasyonları arasındaki genetik ilişkileri göstermek için yararlı araçlar olduğunu
öne sürmektedir.

Keywords

Dittrichia viscosa, RAPD, genetik çeşitlilik, Türkiye

References

• Referans1: Ábrahám, B., Miklóssy, I., Kovács, E., Tamás, É., Mészáros, I., Szilveszter, S., ... & Lányi, S. 2010. Genetic Analysis of Pinus sylvestris L. and Pinus sylvestris forma turfosa L. Using RAPD Markers. Notulae Scientia Biologicae. 2(1): 129-132.Referans2: Al-Qudah, M.A., Al-Jaber, H.I., Mayyas, A.S., AbuOrabi, S.T., Abu Zarga, M.H. 2010. Chemical Compositions of the Essential Oil from the Jordanian Medicinal Plant Dittrichia viscosa. Jordan Journal of Chemistry. 5(4): 343-348.Referans3: Awasthi, A. K., Nagaraja, G. M., Naik, G. V., Kanginakudru, S., Thangavelu, K., & Nagaraju, J. 2004. Genetic diversity and relationships in mulberry (genus Morus) as revealed by RAPD and ISSR marker assays. BMC genetics. 5(1): 1.