Sapanca Gölü (Sakarya) Havzası Toprak ve Sedimentlerinden Streptomyces Cinsi Bakterilerin İzolasyonu, Karakterizasyonu ve Teşhisi

Yıl 2019, Cilt: 8 Sayı: 3, 826 - 834, 30.09.2019

Kerem Özdemir , Dilara Hande Ünal

https://doi.org/10.17798/bitlisfen.539750

Cited By: 2

Öz

Bu
çalışmada, Sakarya ili sınırlarında bulunan Sapanca Gölü havzası toprak ve
sedimentlerinden Streptomyces cinsi
bakterileri izole edilerek karakterizasyon ve teşhisi yapılmıştır. Toplam 6
farklı lokaliteden alınan 12 toprak numunesinin fiziko-kimyasal analizleri
yapılmış ve pH’larının 6,12 ile 7,58 değerleri arasında olduğu saptanmıştır.
Saflaştırılan 60 Streptomyces izolatı
havasal, misel ve difüziye pigment rengi esas alınarak 4 ana gruba ayrılmıştır.
Streptomyces izolatlarına,
antibiyotik duyarlılığı, degredasyon aktivitesi, büyüme, azot ve karbon kaynağı
kullanımı testleri uygulanmıştır. Tüm izolatların fenotipik ve biyokimyasal
karakterleri belirlenerek IDENTAX bilgisayar programına bu veriler aktarılmış,
cins içerisindeki pozisyonları belirlenerek teşhisleri yapılmıştır. Teşhis
edilenler türler arasında Streptomyces cyaneus, Streptomyces filipinensis,
Streptomyces exfoliatus, Streptomyces chromogenus, Streptomyces chromofuscus,
Streptomyces griseoruber, Streptomyces antibioticus, Streptomyces lydicus,
Streptomyces lavendulae ve Streptomyces purpureus türleri
bulunmaktadır. Teşhisleri tamamlanan Streptomyces
izolatlarının test sonuçları MVSP 3.2 bilgisayar programı ile birbirleri
arasındaki benzerlik dendogramları oluşturulmuştur. Renk kümelerini temsilen
seçilen 4 suşun DNA izolasyon ve dizi analizleri yapılmış ve 27F ile 1492R
evrensel primerleri kullanılarak 16S rDNA geni kısmi olarak PCR ile
çoğaltılmıştır. Bu dört bakterinin GenBank veri tabanındaki türlerle olan
akrabalık dereceleri ve genetik pozisyonları dendogramlar şeklinde ortaya
konmuştur.

Anahtar Kelimeler

Streptomyces, 16S rDNA

Kaynakça

• 1. Seipke, R., Kaltenpoth, M., Hutchings, M., 2012. Streptomyces as symbionts: an emerging and widespread theme. FEMS Microbiology Reviews, 36(4): 862-876.
• 2. Bérdy, J., 2005. Bioactive microbial metabolites. Journal of Antibiotics, 58: 1–26.
• 3. Hopwood, D., 2004. New Drugs by Manipulating Streptomyces genes. Microbiology Today, 34: 64–65.
• 4. Goodfellow, M., Erika, Q., Katarzyna, W., Pawel, M., Abdalla, O., Ahmed, F., Mohamed, H., Jolanta, Z., 2007. Streptomyces sudanensis sp. nov., a new 76 pathogen isolated from patients with actinomycetoma. Antonie Van Leeuwenhoek., 22: 18157699.
• 5. Chater, KF., Losick, R., 2001. Mycelial life style of Streptomyces coelicolor A3(2) and its relatives. In Bacteria as Multicellular Organisms (Edited by J.A. Shapiro, M. Dworkin). Oxford Univ. Press, Newyork. 149–82.
• 6. Kutzner, K., J., 1981. The family Streptomycetaceae. In: Starr MP, Stolp H, Tr_per HG, Balows A, Schlegel HG (eds) The prokaryotes, A Handbook on Habitats, Isolation, and Identification of Bacteria, vol. 2, Springer-Verlag, New York. 2028-2090.
• 7. Williams, S.T., Goodfellow, M., Alderson, G., 1989. Genus Streptomyces Waksman and Henrici. In Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 4 (edited by Williams, Sharpe, Holt). Williams & Wilkins, Baltimore, pp. 2452–2492.
• 8. Newman, D.J., Cragg, G.M., Snader, K.M. 2003. Natural Products as sources of new drugs over the period 1981–2002. Journal of Natural Products, 66: 1022–1037.
• 9. Shirling, E.B., Gottlieb, D., 1966. Methods for characterization of Streptomyces species. International Journal of Systematic Bacteriology, 16: 313-340.
• 10. Szabo, I. M., Marton, M., Buti, I., Fernandez, C. A., 1975. Diagnostic key for the identification of species of Streptomyces and Streptoverticillium included in the International Streptomyces project. Acta Bot Acad Sci Hung 21:387–418.
• 11. Holt, J. G., Krieg, N. R., Sneath, P. H. A. , Staley, J. T., Williams, S. T., 1994. Bergey’s manual of determinative bacteriology. 9th ed. Baltimore: The Williams & Wilkins Co.
• 12. Nitsch, B., Kutzner H. J., 1969. Egg-yolk as a diagnostic medium for Streptomycetes. Experientia 25:113–6.
• 13. Ausubel, F. M., Brent, R., Kingston, R. E., Moore, D. D., Seidman, J. G., Smith, J. A., & Struhl, K. (1994): Current protocols inmolecular biology. John Wiley and Sons, New York. 2.0.1–2.14.8.
• 14. Lane D. J., 1991. 16S/23S rRNA sequencing. In Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics, pp. 115––175.
• 15. Awla, F. M., Ozdemir, K., Ertas, M., 2017. Irak-Erbil'den Alınan Bazı Toprak Numunelerinden Streptomyces Bakterilerinin İzolasyonu, Ekstraselüler Hidrolitik Enzim Kabiliyetlerinin Belirlenmesi ve 16S rDNA Analizi. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi/ Journal of the Institute of Natural & Applied Sciences 22 (2): 132-138.
• 16. Williams, S. T., Goodfellow, M., Aldersons, G., Wellington, E. M. H., Sneath, P. H. A., Sackin, M. J., 1983a. Numerical Classification of Streptomyces and Related Genera. Journal of General Microbiology, 129: 1743-1813.
• 17. Williams, S. T., Goodfellow, M., Wellington, E. M. H., Vickers, J. C., Aldersons, G., Sneath, P. H. A., Sackin, M. J. Mortimer, A. M., 1983b. A probability matrix for identification of some Streptomycetes. Journal of Genera Microbiology, 129: 1815- 1830.
• 18. Özdemir, K., 2008. Lens orientalis (Boiss.) Hand & Mazz ve Cicer anatolicum Alef. Rizosferinden Streptomyces türlerinin izolasyonu, teşhisi ve karakterizasyonu. Doktora tezi. Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Van.
• 19. Ausubel, F., M., Brent, R., Kingston, R., E., Moore, D., D., Seidman, J., Smith, G., J., A., Struhl, K., 1994. In: Current Protocols in Molecular Biology, Wiley, New York, 2.1.1–2.1.3.
• 20. Kim, B., Sahin, N., Minnikin, D., E., Zakrzewska-Czerwinska, J., Mordarski, M., Goodfellow, M., 1999. Classification of thermophilic Streptomyces, including the description of Streptomyces thermoalkalitolerans sp. nov. International Journal of systematic Bacteriology, 49: 7-17.
• 21. Rintala, H., Nevalainen, A., Ro¨nka, E., Suutar, M., 2001. PCR primers targeting the 16S rRNA gene for the specific detection of streptomycetes. Molecular and Cellular Probes (15): 337–347.
• 22. Lanoot B, Vancanneyt, M., Bart, H., Vandemeulebroecke, K., 2005. Grouping of Streptomycetes using 16S-ITS RFLP fingerprinting. Research in Microbiology (156) 755–762.
• 23. Sembiring, L., Goodfellow, M., 2008. Ecological approach to unravel Streptomycete diversity as an unsurpassed sources of natural bioactive products. Microbiology Indonesia. Volume 2, Number 2. 49-56.
• 24. Atalan, E., Manfio, G., P., Ward, A., C., Kroppenstedt, R., M., Goodfellow, M., 2000. Biosystematic studied on novel Streptomycetes from soil. Antonie van Leeuwenhoek, 77: 337-353.
• 25. Langham, C., D., Williams, S.,T., Sneath, P., H., A., Mortimer, A., M., 1989. New probability matrices for identification of Streptomyces. Journal of General Microbiology, 135: 121– 133.