Filogenetik Ağaçlandırma Metotları

Yıl 2015, Cilt: 26 Sayı: 2, 58 - 64, 15.12.2015

Seyyide Sarıçam , Hamit Kaan Müştak

https://doi.org/10.35864/evmd.513389

Cited By: 1

Öz

Bu derlemede; filogenetik bilimi ve esasları, temel terminolojisi, ağaç gösterim şekilleri hakkında bilgi verilip, bir filogenetik analizde izlenmesi gereken adımlar anlatıldı. Analizde kullanılacak verinin taşıması gereken başlıca kriterler, veri tabanlarından referans birimlerin elde edilmesi ve genlerin analiz süreci ele alındı. Filogenetik ağaç oluşturmada kullanılan bilgisayar tabanlı metotların başlıca özellikleri ve üstünlükleri belirtildi. Analiz sonucu elde edilen ağacın güvenilirliği ve bu değerin yorumlanması üzerinde duruldu. Özetle bu derlemede temel filogenetik bilgisinin verilmesi amaçlandı.

Anahtar Kelimeler

Ağaçlandırma metotları, filogenetik, takson

Kaynakça

• 1. Woese C.R, Stackebrandt E, Macke T.J, Fox G.E. (1985). A Phylogenetic Definition of the Major Eubacterial Taxa. System. Appl. Microbiol 6: 143-151.
• 2. Morrıson Davıd A. (1996). Phylogenetic Tree-building. Internalionol Journal for Parasitology, Vol 26. No 6.
• 3. Freeman S, Herron J. C. (1999). Evrimsel Analiz. Çıplak, B, Başıbüyük H, Karaytuğ, S, Gündüz, İ. (eds). Palme Yayıncılık. Ankara. 28-29: 438-708.
• 4. Felsensteın J. (1987). Estimation of hominoid phylogeny from a DNA hybridization data set. Moleculer Evolution. 26: 123-31.
• 5. Felsensteın J. (1985). “Confidence Limits on Phylogenies: an Approach using the Bootstrap”, Evolution. 39: 783-791.
• 6. Sıngh Gautam B. (2015). Fundamentals of Bioinformatics and Computational Biology, Methods and Exercises in MATLAB. Vol 6: 235-270.
• 7. Xıong Jın. (2006). Essential Bioinformatics: 127-169
• 8. Kress W.J. (2005). “The Molecular Phylogeny of Alpinia (Zingiberaceae): A Complex and Polyphyletic Genus of Gingers”, American Journal of Botany. 92/1: 167-178.
• 9. Podsıadlo L., Polz-Dacewıcz M. (2013). Molecular evolution and phylogenetic implications in clinical research. Annals of agricultural and Environmental Medicine. Vol 20.No 3: 455-459.
• 10. Mount D.W. (2001). Bioinformatics Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, New York. Chapter 3. Alignment of pairs of sequences: 52-137.
• 11. Saıtou N, Neı M. (1987). The neighbor-joining method: a new method for reconstruction phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution 4: 406- 425.
• 12. Onursal Sıla Suzan, Uğur Avni. (1997). Böceklerin Filogenisi. Türk.entomol. derg. 21(1): 65-80.
• 13. Anonim, (2015). RCSB Protein Data Bank. Erişim adresi: http://www.rcsb. org/pdb/home/home.do, Erişim tarihi: 30.05.2015.
• 14. Anonim, (2015). European Molecular Biology Laboratory. Erişim adresi: http://www.embl.org/, Erişim tarihi: 30.05.2015
• 15. Anonim, (2015). DNA Data Bank of Japan. Erişim adresi: http://www.ddbj. nig.ac.jp/, Erişim tarihi: 30.05.2015
• 16. Anonim, (2015). Distance Methods. Erişim adresi: http://www.cs.rice. edu/~nakhleh/COMP571/Slides/Phylogenetics-DistanceMethods.pdf, Erişim tarihi: 03.06.2015.
• 17. Anonim, (2015). Bayes Teoremi. Erişim adresi: http://tr.wikipedia.org/wiki/ Bayes_teoremi, Erişim tarihi: 07.06.2015
• 18. Anonim, (2015). Tree of Life. Erişim adresi: http://en.wikipedia.org/wiki/ Tree_of_life_%28biology%29, Erişim tarihi: 04.06.2015.
• 19. Anonim, (2015). Phylogenetic Fundamentals. Erişim adresi: http://artedi. ebc.uu.se/course/X3-2004/Phylogeny/Phylogeny-Criteria/Phylogeny-Criteria. html, Erişim tarihi: 27.05.2015.
• 20. Anonim, (2015). Taksonomi. Erişim adresi: http://tr.wikipedia.org/wiki/Taksonomi, Erişim tarihi: 04.06.2015.
• 21. Anonim, (2015). Molecular Clock. Erişim adresi: http://en.wikipedia.org/ wiki/Molecular_clock, Erişim tarihi: 04.06.2015.
• 22. Anonim, (2015). Model Based Distance Methods. Erişim adresi: http:// www.life.umd.edu/labs/delwiche/MSyst/lec/Distance1.html, Erişim tarihi: 06.06.2015.
• 23. Anonim, (2015). Dendrogram. Erişim adresi: http://en.wikipedia.org/wiki/ Dendrogram, Erişim tarihi: 02.06.2015.
• 24. Anonim, (2015). Molecular phylogenetic analysis using ribosomal RNA (rRNA). Erişim adresi: http://eebweb.arizona.edu/blast/rna_lecture.pdf, Erişim tarihi: 06.06.2015.
• 25. Anonim, (2015) Erişim adresi: http://www.cs.rice.edu/~nakhleh/COMP571/ Slides/Phylogenetics BuildingPhyloTrees.pdf. Erişim Tarihi: 03.06.2015.