Ahi Evran Tıp Dergisi, çift kör hakemli değerlendirme yapmaktadır. Süreç boyunca hem hakem hem de yazar/yazarların kimlikleri birbirinden gizlenmektedir.

Editor Kurulu veya alan editörü tarafından değerlendirme sürecinin başında uygun olmayan makaleler ret edilir. Uygun olan makaleler ise sekretarya yönlendirilir.

Ahi Evran Tıp Dergisine gönderilen çalışmalar, yazım kurallarına uygun şekilde ve yazar/yazarların kimliklerini ele vermeyecek şekilde hazırlanmalıdır. Yazar tarafından gönderilen yayınlar, dergi yazım kurallarına göre kontrol edilir. Ayrıca yazar/yazarların bilgileri var ise sekreterya tarafından bu bilgilerin düzeltilmesi istenir. 

İstenilen düzeltmelerden sonra, istatistik editörü tarafından kontrol edilen çalışmalara alan editörü ataması gerçekleştirilir.  Alan editörü tarafından alanında uzman hakemlere davet gönderilir. Çalışmanın yayınlanabilirliği noktasında hakemlerin kararları arasında farklı görüşlerin olması durumunda üçüncü bir hakem görüşü ile karar verilir. Hakem değerlendirmeleri körlük sistemine uygun biçimde yazar ile paylaşılır. Hakem yada hakemlerin görüş, öneri ve düzeltmeleri çift körlük sistemine uygun biçimde yazara iletilir ve yazardan gelen düzeltmeler ilgili editör tarafından kontrol edilir. Editör, değerlendirme sonrası çalışmanın yayınlanması veya reddedilmesi noktasında mutlak kararı yazara bildirir.