Balıkesir Medical Journal, çift kör hakemlik sistemi uygulanmakta olup çalışmalar birbirinden habersiz iki hakeme gönderilir. Süreçte yazar ve hakemlerden hiçbirisi diğerleri ile ilgili bilgi sahibi olamaz. Yazar tarafından gönderilen çalışma dosyasında yazar(lar) ile ilgili tanımlayıcı bilgi var ise editörler tarafından bu bilgiler çıkarılır ve ardından hakemlere gönderilir. Çalışmanın yayınlanabilirliği noktasında hakemlerin kararları arasında bir anlaşmazlık olduğu taktirde üçüncü bir hakem tayin edilir ve onun görüşüne başvurulur. Hakem değerlendirmeleri körlük sistemine uygun biçimde yazar ile paylaşılır. Hakemlerin belirli düzeltmeler sonucu yayınlanabilir kararı vermesi durumunda ilgili hakem yada hakemlerin görüş, öneri ve düzeltmeleri çift körlük sistemine uygun biçimde yazara iletilir ve yazardan gelen düzeltmeler ilgili editör tarafından kontrol edilir. Editör tüm bu süreçleri dikkate alarak yayınlanması veya reddedilmesi noktasında mutlak kararını yazara bildirir.

Dergiye gönderilen çalışmalar en geç 5 gün içerisinde ön değerlendirmeye alınarak yazara bilgilendirme yapılır. Ön kontrol sürecinde yazım ve dilbilgisi kontrolünden geçen çalışmalar daha sonra editör tarafından hakem değerlendirmesine yönlendirilir.

Değerlendirme için hakemlere verilen süre 2 haftadır.

Hakem önerileri doğrultusunda yazarların dokümanları üzerinde değişiklik yapmasına izin verilir. Hakem değerlendirmesi bitmeden yazarlar dokümanları üzerinde değişiklik yapamazlar.

Hakemler ancak değerlendirmeyi kabul ettikleri taktirde yazar tarafından gönderilen çalışma dosyasını görebilirler.

Hakem Değerlendirme süreci aşağıdaki algoritma doğrultusunda gerçekleşir.

Aşağıdaki algoritmada bahsi geçen hakem revizyonları minör revizyonlardır. Hakem değerlendirmesine gitmiş bir makale için hakemlerden herhangi birisi major revizyon kararı vermiş ise editörler eleştiri/revizyonların derecesi ve uygulanabilirliği açısından durumu detaylıca inceler ve gerekirse bu basamakta ret kararı verebilirler.

Hakem değerlendirmesine girmiş tüm makalelerde hakem görüşleri makale kabul edilse de reddedilse de çift kör sisteme uygun biçimde yazara iletilir.