LAKTİK ASİT BAKTERİLERİNİN TANILANMASINDA KULLANILAN BAŞLICA FENOTİPİK VE MOLEKÜLER YÖNTEMLER

Yıl 2014, Sayı: 14, - , 15.07.2014

Oktay Yerlikaya

Öz

Sağlığa yararlı etkileri ve fermantasyon olaylarında önemli fonksiyonları olan laktik asit bakterileri gıda endüstrisinde kullanılan bakterilerin en önemlileri arasındadır. Laktik asit bakterilerinin kesin olarak tanımlanmaları teknolojik, ekolojik ve güvenlik açısından büyük önem taşımaktadır. Geleneksel tanımlama çalışmaları ile bu bakterilerin tanılanması uzun zaman almakta ve yük getirmektedir. Genetik çalışmaların hız kazanmasıyla birlikte, süt ürünlerindeki doğal laktik asit bakterilerinin moleküler yöntemler kullanarak araştırmalarına başlanmış ve başarılı sonuçlar elde edilmiştir. İyi bilinmektedir ki, doğal olarak bulunan mikroorganizmaların önemli bir kısmı geleneksel peynirlerin kendine özgü tat, aroma ve yapılarının oluşmasında büyük katkı sağlamaktadır. Bunun yanında, temel ekosistem ile ilgili mikroorganizmaların tam anlamıyla nicel ve nitel olarak belirlenmesini sağlayabilecek moleküler yöntem bulunmamaktadır. Bu nedenle, mikroorganizmaların daha nesnel tanılanması için moleküler yöntemlerin kombinasyonları uygulanmalıdır. Bu makalede süt ürünlerindeki laktik asit bakterilerinin tanılanmasında kullanılan kültüre bağlı ve kültüre
bağlı olmayan moleküler yöntemler üzerinde durulmuştur.

Anahtar Kelimeler: Laktik asit bakterileri, moleküler yöntemler, bakteri tanılama, süt ürünleri, PZR

Anahtar Kelimeler

-

Kaynakça

• Akpınar, A., Yerlikaya, O. and Kılıç, S. 2011. Antimicrobial activity and antibiotic resistance of Lactobacillus
• delbrueckii ssp. bulgaricus and Streptococcus thermophilus strains isolated from Turkish homemade yoghurts.
• African Journal of Microbiology Research 5(6): 675-682.
• Amann, R., Fuchs, B.M. and Behrens, S. 2001. The identification of microorganisms by fluorescence in situ
• hybridisation. Current Opinion of Biotechnology 12: 231–236.
• Anonim, 2011. Terminal fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis on applied biosystem capillary
• electrophoresis systems, Applied Biosystems: Application Note T-RFLP on the 3130/30, http://www3.appliedbiosystems.
• com/cms/groups/mcbmarketing/documents/ generaldocuments/cms_042272.pdf.
• Aponte, M., Fusco, V., Andolfi, R. and Coppola, S. 2008. Lactic acid bacteria occurring during manufacture
• and ripening of Provolone del Monaco cheese: Detection by different analytical approaches. International
• Dairy Journal 18: 403–413.
• Aydın-Sayitoğlu, M. 2005. Hematoloji’de real time PCR. Moleküler Hematoloji ve Sitogenetik Alt Komitesi,
• Temel Moleküler Hematoloji Kursu, 12-13 Mart, Mersin.
• Ben Amor, K., Vaughan, E.E. and de Vos, W.M. 2007. Advanced molecular tools for the identification of lactic
• acid bacteria. Journal of Nutrition (Suppl.) 137: 741–747.
• Beresford, T.P., Fitzsimons, N.A. and Cogan, M.T. 2001. Recent advances in cheese microbiology. International
• Dairy Journal 11: 259–274.
• Bogovič-Matijašič, B., Obermajer, T. and Rogelj, I. 2009. Quantification of Lactobacillus gasseri, Enterococcus
• faecium and Bifidobacterium infantis in a probiotic OTC drug by real-time PCR. Food Control 21:
• –425.
• Cocolin, L., Diez, A., Urso, R., Rantsiou, K., Comi, G., Bergmaier, I. and Beimfohr, C. 2007. Optimization of
• conditions for profiling bacterial populations in food by culture-independent methods. International Journal of
• Food Microbiology 120: 100–109.
• Cocolin, L., Manzano, M., Cantoni, C. and Comi, G. 2001. Denaturing gradient gel electrophoresis analysis
• of the 16S rRNA genes V1 region to monitor dynamic changes in the bacterial population during fermentation
• of Italian sausages. Applied and Enviromental Microbiology 67: 5113–5121.
• Coeuret, V., Dubernet, S., Bernardeau, M., Gueguen, M., Vernoux, J.P. 2003. Isolation, characterisation and
• identification of lactobacilli focusing mainly on cheeses and other dairy products. Lait,83: 269–306.
• Corsetti, O., Lavermicocca, P., Morea, M., Baruzzi, F., Tosti, N. and Gobbetti, M. 2001. Phenotypic and molecular
• identification and clustering of lactic acid bacteria and yeasts from wheat (species Triticum durum and
• Triticum aestivum) sourdoughs of Southern Italy. International Journal of Food Microbiology 64: 95–104.
• Çon, A.H. ve Gökalp, H.Y. 2000. Laktik asit bakterilerinin antimikrobiyal metabolitleri ve etki şekilleri. Turk
• Mikrobiyoloji ve Cemiyeti Dergisi 30: 180-190.
• Danova, S., Petrov, K., Pavlov, P. and Petrova, P. 2005. Isolation and characterization of Lactobacillus strains
• involved in koumiss fermentation. International Journal of Dairy Technology 58(2): 100-106.
• Doğan, P. 2009. Pediococcus acidilactici PBF suşunda bakteriyosin üretiminden sorumlu genin aktarımı. Ankara
• Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji A.B.D., Yüksek Lisans Tezi, 115s.
• Duthoit, F., Godon, J.J. and Montel, M.C. 2003. Bacterial community dynamics during production of registered
• designation of origin salers cheese as evaluated by 16S rRNA gene single-strand conformation polymorphism
• analysis. Applied and Environmental Microbiology 69: 3840–3848.