Hakem değerlendirmesi sürecinin temel amacı, yalnızca yüksek kaliteli ve özgün bilimsel çalışmaların yayınlanmasını garanti altına almaktır. Muhasebe ve Finans İncelemeleri Dergisi'nde yer alan tüm makaleler, hakem değerlendirmesinden geçmektedir; gönderilen her yazı, aşağıda özetlenen prosedüre tabiidir.

Muhasebe ve Finans İncelemeleri Dergisin'de yayımlanmak üzere gönderilen tüm makaleler, intihal taramasından (intihal raporunun  %25’den fazla olmaması gerekmektedir) geçtikten sonra öncelikle alan editörleri ve yayın kurulunun ortaklaşa yürüttüğü bir ön değerlendirme sürecinden geçer. Daha sonra derginin kapsamına uygun olmadığı düşünülen veya akademik dili çok zayıf olan makaleler, düzeltmeler için yazarlara geri gönderilir. Hakem sürecini tamamlamayan yazılar bu aşamada editör tarafından asla yayına kabul edilmeyecektir. Gönderilen makaleler iki farklı hakeme gönderilmektedir. Kör hakem uygulaması yapılan değerlendirme sisteminde, iki farklı hakeme (hakemler ve yazarlar birbirlerinin isimlerini bilmemektedir) makale değerlendirmesi için bir ay süre verilmektedir.

Ön incelemeden sonra makaleler en az iki hakeme gönderilir. Gerekli görülmesi halinde editör veya yayın kurulu hakem sayısını artırabilir. Hakemler,  uzmanlık alanlarına göre seçilir. Hakemlerden, makalelerin  bilimsel literatüre katkısını, sonuçların sunumunu ve sonuçların desteğini değerlendirmelerinin yanı sıra makaleyle ilgili daha önceki ilgili çalışmalara uygun şekilde yazarların atıfta bulunup bulunmadığını değerlendirmeleri de istenir. Hakemler, bir makalenin olduğu gibi yayına kabul edilmesi, düzeltmeler (minör düzeltme veya major düzeltme) yapıldıktan sonra kabul edilmesi veya reddedilmesi gerektiği sonucuna varabilirler. Bir makalenin yayınlanabilmesi için en az iki hakem tarafından yayına kabul edilmesi gerekmektedir. Bir hakemin makaleyi yayınlanmak üzere kabul etmesi, diğer hakemin ise reddetmesi halinde; Makale, ek değerlendirme için üçüncü bir hakeme gönderilir. Hakemlerden ikisinin de olumlu görüş bildirilmesi durumunda hakem süreci tamamlanmaktadır. Bu süreç, ortalama bir buçuk ay sürmektedir.