Mantar Dergisi yılda iki sayı olarak yayınlanır. Kongre veya sempozyumlar v.b. faaliyetlerden talep edildiğinde, Baş Editör tarafından uygun görüldüğünde özel sayı olarak üçüncü sayı çıkarılır.
Makale yazar tarafından dergi kurallarına uygun olarak hazırlanır ve sisteme yüklenir.
Sistemde ön değerlendirme de, makalenin konu, şekil ve dil bakımından dergi için uygun olup olmadığına Baş Editör tarafından karar verilir.
Ön değerlendirmede kabul edilen makale işleme alınır. Makale uygun değilse veya derginin kurallarına uymayan bölümleri varsa düzeltme için yazara iade edilir.
Değerlendirme sürecini bizzat baş editör yapabileceği gibi, alan editörü de atayabilir.
Baş editör veya Alan editörü makale için en az iki hakem belirler. Makale hakemlere yazar bilgisi olmadan değerlendirme formu ile birlikte gönderilir. Hakemler en çok 30 gün içinde makale hakkındaki değerlendirmelerini ve değerlendirme formunu sisteme yüklerler. Hakem tavsiye kararlarında bir ret görüşü olursa, yeni bir hakem atanır ve en çok 15 gün içinde cevap talep edilir. Yeni hakem de ret kararı tavsiye ederse makale ret kararı ile yazara iade edilir.
Hakem görüşleri değerlendirilerek, Baş editör tarafından makale hakkında ret, kabul, majör veya minör düzeltme kararlarından birisi verilir. Baş Editörün yazar olarak yer aldığı makalelerde kararı alan editörü verir.
Düzeltme kararı verilen makale yazara revizyon için gönderilir. Yazar revizyonu gerçekleştirdikten sonra makaleyi yeni şekli ile sisteme yükler. Yeterli revizyon yapılmayan makaleler tekrar yazara gönderilebilir. Major düzeltme istenen makaleler yazardan geldikten sonra hakemlere tekrar gönderilir. Minor revizyon istenen makaleler de ise yapılan revizyon baş editör tarafından yeterli bulunursa kabul kararı verilir.
Alan editörü var ise kararını baş editöre bildirir. Baş editör hakem ve alan editörünün tavsiyelerini değerlendirerek, makale hakkındaki kararını verir.